| Acute exposure |
Exposure to single or repeated doses over a short period (24 hours or less) |
Akutní expozice |
Expozice jedné nebo opakovaným dávkám vprůběhu krátkého času (24 hodin a méně) |
Manuál prevence v lékařské praxi. VIII. Základy hodnocení zdravotních rizik (Ed. Provazník,K.,
Cikrt, M., Komárek, L.), Státní zdravotní ústav, Praha, 2000, 158 s.
|
| Allele |
One of two or more DNA sequences occurring at a particular gene locus. Typically one allele
(“normal” DNA sequence) is common, and other alleles (mutations) are rare.
|
Alela |
Jedna ze dvou nebo více sekvencí DNA vyskytujících se v konkrétním genovém lokusu. Typicky je
běžná jedna alela („normální“ sekvence DNA) a další alely (mutace) jsou vzácné.
|
NHI NCI dictionary of genetic terms |
| Allergen |
An allergen is a exogenous antigen that can elicit an abnormally vigorous pathological immune
response in susceptible individuals - the so-called allergy or allergic reaction
|
Alergen |
Alergen je exogenní antigen, který je schopen u vnímavých jedinců vyvolat abnormálně silnou
patologickou imunitní reakci - alergii neboli alergickou reakci
|
Ferenčík M, Rovenský J, Shoenfeld Y, Maťha V. Imunitní systém; informace pro každého. 1. české.
vyd. Praha: Grada Publishing, 2005.
|
| Antinutrient |
Antinutrients are natural or synthetic compounds that interfere with the absorption of
nutrients
|
Antinutrient |
Antinutriční látky jsou přírodní nebo syntetické sloučeniny, které narušují vstřebávání živin v
organismu
|
Oxford dictionary of biochemistry and molecular biology. Cammack, Richard (Rev. ed.). Oxford:
Oxford University Press. 2006. p. 47.
|
| antisence RNA |
A sigle stranded RNA (ssRNA) molecule complementary in sequence to a target RNA molecule with
which it can associate and form double-stranded RNA (dsRNA). This can result in silencing of the
target gene expression.
|
Antisense RNA |
Jednovláknová RNA molekula (ssRNA) sekvenčně komplementární k cílové molekule RNA, se kterou
může asociovat a vytvářet dvouvláknovou RNA (dsRNA). Následkem toho může dojít k umlčení exprese
cílového genu.
|
Plant biotechnology and genetics: principles, techniques, and applications. C. N. Stewart Jr,
editor. John Wiley & Sons, Hoboken, New Jersey, USA. 2007.
|
| Base pair (bp) |
A pair of nucleotides in double-stranded nucleic acid connected by a hydrogen bond between two
complementary nitrogen-containing bases. The four bases in DNA are adenine (A), cytosine (C),
guanine (G), and thymine (T). These bases form specific pairs (A with T, and G with C). Base
pair is also used as a unit for determining the length of DNA.
|
Pár bází (bp) |
Dvojice nukleotidů ve dvouřetězcové nukleové kyselině spojená vodíkovou vazbou mezi dvěma
komplementárními dusíkatými bázemi. Čtyři báze v DNA jsou adenin (A), cytosin (C), guanin (G) a
thymin (T). Tyto báze tvoří specifické páry (A s T a G s C). Pár bází se také používá jako
jednotka pro určování délky DNA.
|
NHI NCI dictionary of genetic terms |
| Binary vector |
A plasmid that carries artificial T-DNA and that can be replicated in both Escherichia coli and
Agrobacterium tumefaciens. For plant transformation, it is necessary that the binary vector is
present in A. tumefaciens together with a Ti plasmid carrying virulence genes but lacking the
wild-type T-DNA. The term "binary vector" correctly refers to the combination of both plasmids.
|
Binární vektor |
Plazmid, který nese umělou T-DNA a který lze replikovat jak v Escherichia coli, tak v
Agrobacterium tumefaciens. Pro transformaci rostlin je potřebné, aby byl v A. tumefaciens
přítomen spolu s Ti plazmidem (bez T-DNA divokého typu) nesoucím geny virulence. Pojem „binární
vektor“ správně označuje kombinaci obou plasmidů.
|
DOI: https://doi.org/10.1104/pp.107.105734 |
| Biolistic transformation, syn. particle bombardment, gene gun, biobalistics |
Method of introducing DNA into cells. DNA is bound to metal (gold, tungsten) particles
(microprojectiles), which are shot into the cells (the driving force is the difference in gas
pressure). DNA is released from the particles in cells (in cell nuclei, plastids or
mitochondria) and can be integrated into the respective genome of the given cell (organelle).
|
Biolistická transformace |
Metoda vnášení úseků DNA do buněk. DNA je navázána na kovové (zlaté, wolframové) mikrokuličky,
které jsou doslova nastřeleny do buněk (hnací silou je rozdíl tlaku plynu). Z kuliček je v
buňkách (v buněčných jádrech, plastidech či mitochondriích) DNA uvolněna a může být začleněna do
příslušného genomu dané buňky (organely).
|
DOI: https://doi.org/10.1038/327070a0 |
| Clone |
A genetic replica of an organism created without sexual reproduction. |
Klon |
Genetická replika organismu vytvořeného bez sexuální reprodukce. |
USDA Agricultural Biotechnology Glossary |
| Codon, triplet, |
In DNA or RNA, a sequence of 3 consecutive nucleotides that codes for a specific amino acid or
signals the termination of gene translation (stop or termination codon).
|
|
V DNA nebo RNA je to sekvence 3 po sobě jdoucích nukleotidů, která kóduje specifickou
aminokyselinu nebo signalizuje ukončení genové translace (stop neboli terminační kodon).
|
NHI NCI dictionary of genetic terms |
| Coding sequence |
The part of a nucleic acid sequence (mRNA, DNA) that is translated into a polypeptide chain (a
protein).
|
Kódující sekvence |
Část sekvence nukleové kyseliny (mRNA či DNA), která je překládána do polypeptidového řetězce
(do bílkoviny).
|
Green, Michael R.& Sambrook, Joseph.& Cold Spring Harbor Laboratory. Molecular cloning : a
laboratory manual.Cold Spring Harbor Laboratory Press Cold Spring Harbor, N.Y. 2012.
|
| Construct (DNA construct) |
A recombinant DNA molecule usually formed from artificially assembled pieces of DNA forming a
functional unit (e.g. one or more expression cassettes). Constructs are usually generated in
plasmids using restriction endonucleases and ligases.
|
Konstrukt (DNA konstrukt) |
Molekula rekombinantní DNA. Zpravidla se jedná o úsek uměle seskládaných kusů DNA tvořících
funkční celek (např. expresní kazetu či několik expresních kazet). Konstrukty se vytváří v
plasmidech zpravidla pomocí restrikčních endonukleáz a ligáz.
|
Green, Michael R.& Sambrook, Joseph.& Cold Spring Harbor Laboratory. Molecular cloning : a
laboratory manual.Cold Spring Harbor Laboratory Press Cold Spring Harbor, N.Y. 2012.
|
| Cross-pollinating species |
Pollination of plants with pollen from a genetically diverse individual, which is a condition
for the formation of viable offspring (seeds) in some species.
|
Cizosprašný druh |
Cizosprašnost je opylování rostlin pylem pocházejícím z geneticky odlišného jedince, což je u
některých druhů podmínkou pro vytvoření životaschopného potomstva (semen).
|
Plant biotechnology and genetics: principles, techniques, and applications. C. N. Stewart Jr,
editor. John Wiley & Sons, Hoboken, New Jersey, USA. 2007.
|
| Cultivar |
Acultivar(cultivated variety) is an assemblage of plants selected for desirable
characteristics that are maintained during propagation.
|
Odrůda |
Kultivar (kultivovaná varieta) je soubor rostlin vybraných pro požadované vlastnosti, které jsou
udržovány během šíření.Pojem „odrůda“ vymezuje zákon č. 219/2003 Sb., o uvádění do oběhu osiva a
sadby pěstovaných rostlin a o změně některých zákonů (zákon o oběhu osiva a sadby) § 2: Odrůdou
[se rozumí] soubor rostlin náležející k nejnižšímu stupni botanického třídění, vymezitelný
projevem znaků vyplývajících z určitého genotypu nebo kombinace genotypů, odlišitelný od každého
jiného souboru rostlin projevem nejméně jednoho z těchto znaků, a považovaný za jednotku
rozmnožovatelnou beze změny.
|
|
| Dietary exposure assessment |
The qualitative and/or quantitative evaluation of the likely intake of biological, chemical, and
physical agents via food
|
Hodnocení dietární expozice |
Kvalitativní a/nebo kvantitativní vyhodnocení pravděpodobného přívodu biologických, chemických a
fyzikálních látek prostřednictvím potravin
|
EFSA Scientific Committee; Scientific Opinion on Risk Assessment Terminology. EFSA Journal
2012;10(5):2664. [43 pp.] doi:10.2903/j.efsa.2012.2664. Available online:
www.efsa.europa.eu/efsajournal
|
| DNA chloroplastic (plastidic) |
The part of genomic DNA of eukaryotic organisms that is stored in plastids. Plastids are
semi-autonomous organelles of endosymbiotic origin. Part of the genetic information of the
original endosymbiont has been preserved and is expressed within these organelles.
|
chloroplastová (plastidová DNA) |
Část genomové DNA eukaryotických organismů, jež je uložená v plastidech. Plastidy jsou
semiautonomní organely endosymbiotického původu. Část genetické informace původního
endosymbionta zůstala zachovaná a je exprimovaná v rámci těchto organel.
|
Plant biotechnology and genetics: principles, techniques, and applications. C. N. Stewart Jr,
editor. John Wiley & Sons, Hoboken, New Jersey, USA. 2007.
|
| DNA mitochonrial |
The part of genomic DNA of eukaryotic organisms that is stored in mitochondria. Mitochondria are
semi-autonomous organelles of endosymbiotic origin. Part of the genetic information of the
original endosymbiont has been preserved and is expressed within these organelles.
|
mitochondrial DNA |
Část genomové DNA eukaryotických organismů, jež je uložená v mitochondiích. Mitochondrie jsou
semiautonomní organely endosymbiotického původu. Část genetické informace původního
endosymbionta zůstala zachovaná a je exprimovaná v rámci těchto organel.
|
Plant biotechnology and genetics: principles, techniques, and applications. C. N. Stewart Jr,
editor. John Wiley & Sons, Hoboken, New Jersey, USA. 2007.
|
| Domain |
Domain in a protein is a globular cluster consisting of 100 to 200 amino acid residues and has
an average diameter of ~ 25Å. The domains may be associated with a particular function.
|
Doména |
Doména v bílkovině je globulární shluk sestávající z 100 - 200 aminokyselinových zbytků o
průměru obvykle okolo 25Å. Domény mohou být spojovány z určitými funkčními vlastnostmi.
|
Biochemistry, Third Edition, D. Voet, J.G.Voet, Wiley International Edition, 2004 |
| Event specific PCR |
Amplification of a genomic DNA region at the site of foreign DNA insertion. Each insertion
(transformation event) is unique both in the inserted DNA and in the site where this DNA was
inserted. Specific primers can be designed for each insertion event to uniquely detect such an
event.
|
Amplifikace úseku DNA specifického pro inzerční údálost |
Amplifikace úseku genomové DNA v místě začlenění (inzerce) cizorodé DNA. Každá inzerce
(transformační událost) je unikátní jak vloženou DNA, tak místem, kam se tato DNA vložila. Pro
každou inzerční událost mohou být navrženy specifické primery, s jejichž pomocí lze takovou
událost jednoznačně detekovat.
|
Green, Michael R.& Sambrook, Joseph.& Cold Spring Harbor Laboratory. Molecular cloning : a
laboratory manual.Cold Spring Harbor Laboratory Press Cold Spring Harbor, N.Y. 2012.
|
| Expression cassette |
A DNA region, the inner part of which is transcribed into RNA in a suitable recipient organism.
A part of the RNA is usually subsequently translated into a polypeptide chain of interest.
Regulatory regions typically include a promoter to initiate transcription and a terminator
region to terminate it.
|
Expresní kazeta |
Úsek DNA, jehož vnitřní část je ve vhodném organismu příjemce přepisována do RNA a její část je
zpravidla následně i překládána do požadovaného proteinu, polypeptidového řetězce. Regulační
oblasti typicky zahrnují promotor pro iniciaci transkripce a terminátorovou oblast pro její
ukončení.
|
Green, Michael R.& Sambrook, Joseph.& Cold Spring Harbor Laboratory. Molecular cloning : a
laboratory manual.Cold Spring Harbor Laboratory Press Cold Spring Harbor, N.Y. 2012.
|
| Exon |
A section of an RNA molecule that remains a part of the mature RNA molecule after
post-transcriptional modifications.
|
exon |
Úsek molekuly RNA, který po posttranskripčních úpravách zůstává součástí maturované molekuly
RNA.
|
|
| Field trial |
A test of a new technique or variety, including biotech-derived varieties, done outside the
laboratory but with specific requirements on location, plot size, methodology, etc.
|
Polní pokus |
Test nové techniky nebo odrůdy, včetně odrůd získaných z biotechnologií, provedený mimo
laboratoř, ale se specifickými požadavky na umístění, velikost pozemku, metodiku atd.
|
USDA Agricultural Biotechnology Glossary |
| Flanking (genomic) sequence |
Genomic DNA regions that surround inserted (foreign) DNA from both sites. Knowledge of the
sequences flanking the inserted DNA allows the design of primers for specific amplification of
the given transformation event and for bioinformatics analysis of possible adverse consequences
of the given insertion.
|
Úseky genomové DNA obklopující vloženou DNA |
Úseky genomové DNA, které obklopují vloženou (cizorodou) DNA. Znalost sekvencí obklopujících
vloženou DNA umožňuje navržení primerů pro specifickou amplifikaci dané transformační události a
bioinformatickou analýzu možných nežádoucích důsledků dané inzerce.
|
Green, Michael R.& Sambrook, Joseph.& Cold Spring Harbor Laboratory. Molecular cloning : a
laboratory manual.Cold Spring Harbor Laboratory Press Cold Spring Harbor, N.Y. 2012.
|
| Food allergy |
A food allergy is an abnormal immune response to food. The allergic reaction is mediated by IgE
antibodies
|
Potravinová alergie |
Potravinová alergie je stav, při kterém pozření určité potraviny vyvolá v těle alergika
abnormální aktivaci imunitního systému. Alergická reakce je zprostředkována protilátkami typu
IgE
|
National Institute of Allergy and Infectious Diseases (July 2012). "Food Allergy An Overview"
https://web.archive.org/web/20160305145206/http://www.niaid.nih.gov/topics/foodallergy/documents/foodallergy.pdf
|
| Food intolerance |
Food intolerance is non‐immunological and may occur in response to pharmacological effects of
food or food components, eg sensitivity to gluten - celiac disease or lack of enzyme - lactose
intolerance
|
Potravinová intolerance |
Potravinová intolerance je neimunologického původu a může se objevit v reakci na farmakologické
účinky potravin nebo složek potravin, např. citlivost na lepek - celiakie nebo chybí enzym –
laktózová intolerance.
|
Lomer M.C.E. Review article: the aetiology, diagnosis, mechanisms and clinical evidence for food
intolerance. Alimentary Pharmacology & Therapeutics. 2015, 41 (3): 262–275.
https://doi.org/10.1111/apt.13041
|
| Gene |
The functional unit of heredity (in the form of DNA or RNA segment) usually consisting of
regulatory sequences and a transcribed region. Portions of the gene transcripts of
protein-encoding genes are translated into polypeptide chains; for other genes, the end product
of expression is an RNA molecule.
|
Gen |
Základní funkční jednotka dědičnosti (ve fromě DNA či RNA) zpravidla sestávající z regulačních
sekvencí a transkribované oblasti. Části genových transkriptů protein-kódujících genů jsou
překládány do polypeptidových řetězců, u ostatních genů je konečným produktem exprese molekula
RNA.
|
USDA Agricultural Biotechnology Glossary |
| Gene (DNA) sequencing |
Determining the exact sequence of nucleotide bases in a strand of DNA |
Sekvenování genů (DNA) |
Stanovení přesné sekvence nukleotidových bází ve vlákně DNAl). |
USDA Agricultural Biotechnology Glossary |
| Gene expression |
The process by which the functional product of a given gene is formed. The final product of gene
expression may be an RNA molecule or a protein.
|
Exprese (genu) |
Proces, při kterém dochází k tvorbě funkčního produktu daného genu. Tímto produktem může být
buďto molekula RNA nebo funkční protein.
|
USDA Agricultural Biotechnology Glossary |
| Gene flow |
The movement of genes from one individual or population to another genetically compatible
individual or population.
|
Tok genů |
Pohyb genů od jednoho jedince nebo populace k jinému geneticky kompatibilnímu jednotlivci nebo
populaci.
|
USDA Agricultural Biotechnology Glossary |
| Generations T0, T1, ... |
Designation of generations after transformation (usually used for GM plants). T0 is the
generation in which the transformation takes place, i.e. transformed plants primarily
regenerated after transformation (potentially genetically chimeric), or mother plants exposed to
the floral dip transformation. The next generations usually obtained by self-pollination of
these plants are called T with ascending numbers.
|
generace T0, T1, … |
Označení generací po transformaci (typicky používané u geneticky modifikovaných rostlin). T0 je
označována generace, u které dochází k vlastní transformaci tj. transformované rostliny primárně
regenerované po transformaci (potenciálně geneticky chimerické), či mateřské rostliny vystavené
tzv. floral dip transformaci. Další generace získané zpravidla samosprášením těchto rostlin jsou
označovány T se vzestupnými čísly.
|
Plant biotechnology and genetics: principles, techniques, and applications. C. N. Stewart Jr,
editor. John Wiley & Sons, Hoboken, New Jersey, USA. 2007.
|
| Genetic element |
Any section of DNA. In transformations, the most important genetic elements are regulatory
regions (promoters and terminators) and protein coding regions (coding sequences). However,
introns, untranslated regions (UTRs), transcription enhancers (enhancers), as well as filler
regions, regions used for endonucleolytic cleavage, etc. can also be referred to as genetic
elements.
|
genetický element |
Jakýkoli úsek DNA. Při transformacích jsou nejvýznamnějšími genetickými elementy úseky regulační
(promotory a terminátory) a úseky kódující proteiny (kódující sekvence). Za genetické elementy
lze ale označovat i introny, nepřekládané oblasti (UTR), zesilovače transkripce (enhancery), ale
i výplňové oblasti, úseky využívané pro endonukleolytické štěpení atp.
|
Green, Michael R.& Sambrook, Joseph.& Cold Spring Harbor Laboratory. Molecular cloning : a
laboratory manual.Cold Spring Harbor Laboratory Press Cold Spring Harbor, N.Y. 2012.
|
| Genetic engineering |
Manipulation of an organism's genes by introducing, eliminating or rearranging specific genes
using the methods of modern molecular biology, particularly those techniques referred to as
recombinant DNA techniques.
|
Genetické inženýrství |
Manipulace s geny organismu zavedením, eliminací nebo přeskupením specifických genů pomocí metod
moderní molekulární biologie, zejména technik označovaných jako techniky rekombinantní DNA.
|
USDA Agricultural Biotechnology Glossary |
| Genetic modification |
A technique where individual genes can be copied and transferred to another living organism to
alter its genetic make up and thus incorporate or delete specific characteristics into or from
the organism. The technology is also referred to as genetic engineering, genetic manipulation
and gene technology.
|
Genetická modifikace |
Technika, při které lze jednotlivé geny kopírovat a přenést do jiného živého organismu, aby se
změnila jeho genetická výbava, a tak se začlenily nebo odstranily specifické vlastnosti do nebo
z organismu. Tato technologie se také označuje jako genetické inženýrství, genetická manipulace
a genová technologie.
|
Glossary of genetics and genetic engineering with key to abbreviations (Ifgene) |
| Genetic stability |
Genetic immutability. In connection with genetic modifications, both the invariance of the
inserted DNA and the invariance of the flanking regions is evaluated.
|
Genetická stabilita |
Genetická neměnnost. V souvislosti s genetickými modifikacemi se hodnotí především stabilita
sekvence DNA v místě inzerce cizorodé DNA, a to jak neměnnost vložené DNA, tak neměnnost
sousedních oblastí.
|
Plant biotechnology and genetics: principles, techniques, and applications. C. N. Stewart Jr,
editor. John Wiley & Sons, Hoboken, New Jersey, USA. 2007.
|
| Genetically modified food |
Foods produced from or using GM organisms are often referred to as GM foods |
Geneticky modifikovaná potravina |
Potraviny vyrobené z GM organismů nebo s jejich použitím se často označují jako GM potraviny
|
World Health Organization."Frequently asked questions on genetically modified foods".
Retrieved29 March2016
|
| Genetically modified organism (GMO) |
An organism produced through genetic modification. |
Geneticky modifikovaný organismus (GMO) |
Organismus produkovaný genetickou modifikací. |
USDA Agricultural Biotechnology Glossary |
| Genotype |
A specific set of alleles of all genes present in nuclear and organelle genomes. |
Genotyp |
Soubor konkrétních alel všech genů přítomných v jaderném i organelových genomech. |
|
| Hazard |
A biological, chemical or physical agent in, or condition of, food with the potential to cause
an adverse health effect
|
Nebezpečí |
Biologický, chemický nebo fyzikální činitel v potravinách, který může mít nepříznivé účinky na
zdraví
|
EFSA Scientific Committee; Scientific Opinion on Risk Assessment Terminology. EFSA Journal
2012;10(5):2664. [43 pp.] doi:10.2903/j.efsa.2012.2664. Available online:
www.efsa.europa.eu/efsajournal
|
| Hazard Identification |
The identification of biological, chemical, and physical agents capable of causing adverse
health effects and which may be present in a particular food or group of foods
|
Identifikace nebezpečí |
Identifikace biologických, chemických a fyzikálních činitelů, které mohou mít nepříznivé účinky
na zdraví a které mohou být přítomny v konkrétní potravině nebo skupině potravin
|
WHO (2012) Rapid Risk Assessment of Acute Public Health Events. WHO/HSE/GAR/ARO/2012.1., Geneva,
Switzerland, 40 p.
https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/70810/WHO_HSE_GAR_ARO_2012.1_eng.pdf?sequence=1
|
| Hemizygous |
A diploid organism is hemizygous for a particular gene when that gene is present on only one of
the homologous chromosomes. Primary engineered genetically modified organisms are typically
hemizygous for the inserted gene. Homozygous arrangement is achieved only in their offspring (in
the next generation).
|
Hemizygotní |
Diploidní organismus je hemizygotní pro konkrétní gen, když je tento gen přítomen jen na jednom
z homologních chromozomů. Primárně vytvořené geneticky modifikované organismy jsou typicky
hemizygotní pro vložený gen. Homozygotního uspořádání je dosaženo až u jejich potomstva (v
následné generaci).
|
Plant biotechnology and genetics: principles, techniques, and applications. C. N. Stewart Jr,
editor. John Wiley & Sons, Hoboken, New Jersey, USA. 2007.
|
| Heterologous expresision |
Heterologous expressionrefers to theexpressionof a gene or part of a gene in a host organism,
which does not naturally have this gene or gene fragment. Insertion of the gene in
theheterologoushost is performed by recombinant DNA technology
|
Heterologní exprese |
Heterologní exprese označuje expresi genu nebo části genu v hostitelském organismu, který
přirozeně nemá tento gen nebo genový fragment. Vložení genu do heterologního hostitele se
provádí technologií rekombinantní DNA
|
Binder, Marc D.; Hirokawa, Nobutaka; Windhorst, Uwe, eds. (2009). "Heterologous
Expression".Encyclopedia of Neuroscience. Springer Berlin Heidelberg.
p.1830.doi:10.1007/978-3-540-29678-2_2190.ISBN9783540237358.
|
| Heterozygous genotype |
The presence of two different alleles at a particular gene locus. A heterozygous genotype may
include one normal allele and one mutated allele or two different mutated alleles (compound
heterozygote)
|
Heterozygotní genoty |
přítomnost dvou různých alel v určitém genovém lokusu. Heterozygotní genotyp může zahrnovat
jednu normální alelu a jednu mutovanou alelu nebo dvě různé mutované alely (sloučenina
heterozygot)
|
NIH NCI dictionary |
| Homologous chromozomes |
twochromosomes(=cellpartsthatcontrolwhat ananimalorplantis like), one from
thefatherand one from themother, that come together
duringmeiosis(=celldivisionthathappensaspartofreproduction)
|
Homologní chromozómy |
twochromosomes(=cellpartsthatcontrolwhat ananimalorplantis like), one from
thefatherand one from themother, that come together
duringmeiosis(=celldivisionthathappensaspartofreproduction)
|
https://dictionary.cambridge.org/ |
| Homozygous |
For a particular gene, a diploid organism is homozygous when identical alleles of the gene are
present on both homologous chromosomes. In the case of inserted foreign DNA, the organism is
homozygous if the same insertion is present on both homologous chromosomes.
|
Homozygotní |
Diploidní organismus je homozygotní pro konkrétní gen, když jsou na obou jeho homologních
chromozomech přítomny identické alely daného genu. V případě vložené cizorodé DNA je organismus
hmozygotní, když je na obou homologních chromozomech přítomna stejná inzerce.
|
Plant biotechnology and genetics: principles, techniques, and applications. C. N. Stewart Jr,
editor. John Wiley & Sons, Hoboken, New Jersey, USA. 2007.
|
| Homozygous genotype |
The presence of two identical alleles at a particular gene locus. A homozygous genotype may
include two identical alleles .
|
Homozygotní genotyp |
Přítomnost dvou identických alel v určitém genovém lokusu. Homozygotní genotyp může zahrnovat
dvě normální alely nebo dvě shodně variantní alely.
|
NIH, NCI dictionary, UK |
| Hybrid |
The offspring of any cross between two organisms of different genotypes. |
Hybrid |
Potomek jakéhokoli křížení mezi dvěma organismy různých genotypů. |
USDA Agricultural Biotechnology Glossary |
| Hybridizing band |
A fragment of nucleic acid (DNA, RNA) on a blot (Southern, Northern) that, based on sequence
complementarity, specifically hybridizes (forms a double-stranded structure) to a hybridization
probe (a section of DNA labeled with radioisotopes or other means allowing to detect the bound
probe). The presence and position of the hybridizing band on the blot indicates the presence of
a homologous (complementary) nucleic acid in the analyzed mixture and the size of that molecule
(fragment).
|
Hybridizující proužek |
Úsek nukleové kyseliny (DNA, RNA) na blotu (Southern, Northern), který na základě sekvenční
komplementarity specificky hybridizuje (tvoří dvouvláknovou strukturu) s hybridizační sondou
(úsek DNA značený radioizotopy či jiným způsobem umožňujícím detekci navázané sondy). Přítomnost
a pozice hybridizujícího proužku na blotu indikuje přítomnost komplementárního úseku nukleové
kyseliny v analyzované směsi a velikost tohoto úseku.
|
Green, Michael R.& Sambrook, Joseph.& Cold Spring Harbor Laboratory. Molecular cloning : a
laboratory manual.Cold Spring Harbor Laboratory Press Cold Spring Harbor, N.Y. 2012.
|
| Chromozome |
The self-replicating genetic structure of cells, containing genes, which determines inheritance
of traits. Chemically, each chromozome is composed of proteins and a long molecule of DNA.
|
Chromozom |
Samoreplikující se genetická struktura buněk obsahující geny, která určuje dědičnost znaků.
Chemicky je každý chromozom složen z proteinů a dlouhé molekuly DNA.
|
USDA Agricultural Biotechnology Glossary |
| Chronic exposure |
Exposure lasting or repeating for a long time, covering a substantial part of an individual's
life, resp. experimental laboratory animal
|
Chronická expozice |
Expozice trvající nebo opakující se po dlouhou dobu, zahrnující podstatnou část života
jednotlivce, resp. experimentálního laboratorního zvířete
|
Manuál prevence v lékařské praxi. VIII. Základy hodnocení zdravotních rizik (Ed. Provazník,K.,
Cikrt, M., Komárek, L.), Státní zdravotní ústav, Praha, 2000, 158 s.
|
| Identity preservation |
The segregation of one crop type from another at every stage from production and processing to
distribution. This process is usually performed through audits and site visits and provides
independent third-party verification of the segregation.
|
Zachování identity |
Oddělení jednoho druhu plodiny od druhého v každé fázi od produkce a zpracování po distribuci.
Tento proces se obvykle provádí prostřednictvím auditů a poskytuje nezávislé ověření segregace
třetí stranou.
|
USDA Agricultural Biotechnology Glossary |
| In silico |
The term in silico is an expression meaning "performed on a computer or via computer simulation"
about biological experiments
|
In silico |
Termín, který znamená „provedeno na počítači prostřednictvím počítačové simulace“ ve vztahu k
biologickým experimentům
|
Trisilowati, Mallet, D. G. (2012). In silico experimental modeling of cancer treatment. ISRN
oncology, 2012, 828701. https://doi.org/10.5402/2012/828701
|
| In vitro |
An in vitro (latin: "in the glass") test is a study that is performed outside of a living
organism (i.e, glass, Petri dishes). The test usually involves the use of isolated tissues,
organs or cells.
|
In vitro |
Test in vitro (latinsky: „ve skle“) je studie, která se provádí mimo živý organismus (tj.
laboratorní sklo, Petriho misky). Test obvykle zahrnuje použití izolovaných tkání, orgánů nebo
buněk.
|
https://www.chemsafetypro.com/Topics/CRA/Understanding_In_Vitro_and_In_Vivo_Toxicology_Testing_for_Chemicals.html
|
| Insecticide resistance |
The development or selection of heritable traits (genes) in an insect population that allow
individuals expressing the trait to survive in the presence of levels of an insecticide
(biological or chemical control agent) that would otherwise debilitate or kill this species of
insect. The presence of such resistant insects makes the insecticide less useful for managing
pest populations.
|
Rezistence vůči insekticidům |
Vývoj nebo výběr dědičných znaků (genů) v populaci hmyzu, které umožňují jedincům exprimujícím
tento znak přežít v přítomnosti (úrovní) takových hladin insekticidu (biologického nebo
chemického kontrolního činidla), které by jinak oslabily nebo zabily tento druh hmyzu.
Přítomnost takto rezistentního hmyzu činí insekticid méně užitečným pro (řízení) zvládnutí
populací škůdců.
|
USDA Agricultural Biotechnology Glossary |
| Insert |
DNA fragment stably inserted into the recipient genome. |
Inzert |
Úsek DNA stabilně vložený do genomu příjemce. |
Green, Michael R.& Sambrook, Joseph.& Cold Spring Harbor Laboratory. Molecular cloning : a
laboratory manual.Cold Spring Harbor Laboratory Press Cold Spring Harbor, N.Y. 2012.
|
| intron |
A internal region of RNA molecule that is cleaved out after transcription and is therefore not
part of the mature RNA molecule.
|
intron |
Vnitřní úsek molekuly RNA, který je po transkripci vyštěpen a není proto součástí maturované
molekuly RNA.
|
NHI NCI dictionary of genetic terms |
| integration/insertion site |
A site in the genome (locus) into which a section of (foreign) DNA has been inserted. |
místo inzerce |
Místo v genomu (lokus), do něhož byl vložen/integrován úsek (cizorodé) DNA. |
Plant biotechnology and genetics: principles, techniques, and applications. C. N. Stewart Jr,
editor. John Wiley & Sons, Hoboken, New Jersey, USA. 2007.
|
| mass spectrometry |
A method enabling the detection and identification of molecules on the basis of the precise
determination of their molecular mass and optionally the mass of fragments of these molecules.
In the assessment of genetically modified organisms, it is used for the analysis of polypeptide
chains.
|
hmotnostní spektrometrie |
Metoda umožňující detekci a identifikaci molekul na základě přesného určení jejich hmotnosti a
případně hmotnosti jejich fragmentů. V hodnocení geneticky modifikovaných organismů je využívána
pro analýzu polypeptidových řetězců.
|
Green, Michael R.& Sambrook, Joseph.& Cold Spring Harbor Laboratory. Molecular cloning : a
laboratory manual.Cold Spring Harbor Laboratory Press Cold Spring Harbor, N.Y. 2012.
|
| Mutation |
A change in the hereditary information of an organism (DNA or RNA sequence) that is not
connected with homologous recombination in meiosis. Mutations vary in extent from single
nucleotides to entire sets of chromosomes. The mutation may or may not result in an inherited
change in the phenotype.
|
Mutace |
Změna v dědičné informaci organismu (sekvenci DNA či RNA), která není spojena s homologní
rekombinací probíhající při meióze. Mutace se liší rozsahem od jednodlivých nukleotidů po celé
soubory chromozómů. Mutace se může, ale nemusí projevit dědičnou změnou vlastností organismu.
|
USDA Agricultural Biotechnology Glossary |
| Northern hybridization |
Method for detection of specific RNA molecules transferred from electrophoretic gel to a solid
membrane. Detection is based on sequence-specific binding (hybridization) of the labeled probe
(complementary nucleic acid).
|
hybridizace na Northern blotech |
Metoda detekce specifických molekul RNA přenesených z elektroforetického gelu na pevnou
membránu. Detekce je založena na sekvenčně specifické vazbě (hybridizaci) značené sondy (úseku
komplementární nukleové kyseliny).
|
Kevil, C. G., Walsh, L., Laroux, F. S., Kalogeris, T., Grisham, M. B., Alexander, J. S. (1997)
An Improved, Rapid Northern Protocol. Biochem. and Biophys. Research Comm. 238:277–279.
|
| ORF - open reading frame |
A portion of a nucleic acid (DNA, RNA) translatable into a contiguous polypeptide chain. The ORF
starts with a start codon (usually ATG / AUG) and ends with a stop codon (TAA, TGA, TAG / UAA,
UGA, UAG). Bioinformatics analyses evaluate whether unwanted ORFs encoding potentially dangerous
polypeptides have formed at the insertion site.
|
ORF - otevřený čtecí rámec |
Úsek nukleové kyseliny (DNA, RNA) přeložitelný do souvislého polypeptidového řetězce. ORF počíná
start kodónem (zpravidla ATG / AUG) a končí stop kodónem (TAA, TGA, TAG / UAA, UGA, UAG). Při
bioinformatických analýzách se mj. hodnotí, zda se v místě inzerce vkládané DNA nevytvořily
nežádoucí ORF kódující potenciálně nebezpečné polypeptidy.
|
Green, Michael R.& Sambrook, Joseph.& Cold Spring Harbor Laboratory. Molecular cloning : a
laboratory manual.Cold Spring Harbor Laboratory Press Cold Spring Harbor, N.Y. 2012.
|
| Hazard characterisation |
The qualitative and/or quantitative evaluation of the nature of the adverse health effects
associated with biological, chemical and physical agents that may be present in food. For
chemical agents, a dose-response assessment should be performed. For biological or physical
agents, a dose-response assessment should be performed if the data are obtainable
|
Charakterizace nebezpečí |
Kvalitativní a/nebo kvantitativní hodnocení povahy nepříznivých účinků biologických, chemických
a fysikálních činitelů, které mohou být přítomny v potravinách, na zdraví. U chemických látek by
mělo být provedeno hodnocení odpovědi na dávku. U biologických nebo fyzikálních látek by mělo
být provedeno posouzení odpovědi na dávku, pokud jsou údaje k dispozici
|
WHO (2012) Rapid Risk Assessment of Acute Public Health Events. WHO/HSE/GAR/ARO/2012.1., Geneva,
Switzerland, 40 p.
https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/70810/WHO_HSE_GAR_ARO_2012.1_eng.pdf?sequence=1
|
| Phenotype |
The visible and/or measurable characteristics of an organism (how it appears outwardly). |
Fenotyp |
Viditelné a / nebo měřitelné vlastnosti organismu (jak se jeví navenek). |
USDA Agricultural Biotechnology Glossary |
| Plant-incorporated protectants (PIPs) |
Pesticidal substances introduced into plants by genetic engineering that are produced and used
by the plant to protect it from pests. The protein toxins of Bt are often used as PIPs in the
formation of Bt crops.
|
Ochranné látky zabudované do rostlin (PIPs) |
Pesticidní látky zavedené do rostlin pomocí genetického inženýrství, které jsou produkovány a
používány rostlinou k ochraně před škůdci. Proteinové toxiny Bt se často používají jako PIPs při
tvorbě Bt plodin.
|
USDA Agricultural Biotechnology Glossary |
| Plasmid backbone |
A part of plasmid DNA that is not modified and is not of interest. In the context of GMOs, the
plasmid backbone refers to sections of the plasmid that are not intended to be transferred and
inserted into the genome of the recipient. However, this transmission can still occur, and it is
therefore necessary to check the absence of these sequences in the GMOs.
|
páteř plasmidu |
Úsek plasmidové DNA, který není upravován a není předmětem zájmu. V souvislosti s GMO za kostru
plasmidu označujeme úseky plasmidu, které nejsou určeny k přenosu a vložení do genomu příjemce.
K tomuto přenosu ale přesto může docházet, a je proto nutné provádět kontrolu nepřítomnosti
těchto úseků v GMO.
|
Green, Michael R.& Sambrook, Joseph.& Cold Spring Harbor Laboratory. Molecular cloning : a
laboratory manual.Cold Spring Harbor Laboratory Press Cold Spring Harbor, N.Y. 2012.
|
| Plasmid map |
A scheme of a plasmid molecule showing the genetic elements present, their orientation and size.
The map usually includes the position of unique restriction sites, which can be used to verify
the identity of the plasmid and also for possible modifications of the plasmid.
|
Mapa plasmidu |
Schéma molekuly plasmidu znázorňující přítomné genetické elementy, jejich orientaci a velikost.
Součástí mapy bývá i vyznačení pozice unikátních restrikčních míst, která lze využít pro ověření
indentity daného plasmidu a pro jeho případné modifikace.
|
Green, Michael R.& Sambrook, Joseph.& Cold Spring Harbor Laboratory. Molecular cloning : a
laboratory manual.Cold Spring Harbor Laboratory Press Cold Spring Harbor, N.Y. 2012.
|
| Polymerase chain reaction (PCR) |
A technique used to create a large number of copies of a target DNA sequence of interest. One
use of PCR is in the detection of DNA sequences that indicate the presence of a particular
genetically engineered organism.
|
Polymerázová řetězová reakce (PCR) |
Polymerázová řetězová reakce (PCR): Technika používaná k vytvoření/namnožení velkého počtu kopií
požadované cílové sekvence DNA. Jedno použití PCR je v detekci sekvencí DNA, které indikují
přítomnost konkrétního geneticky upraveného organismu.
|
USDA Agricultural Biotechnology Glossary |
| Point mutation |
A genetic alteration caused by the substitution of a single nucleotide for another nucleotide.
Also called point variant.
|
bodová mutace |
Genetická změna způsobená substitucí jednoho nukleotidu jiným nukleotidem. Také se nazývá bodová
varianta.
|
NHI NCI dictionary of genetic terms |
| Promoter |
A regulatory region of a gene (operon) that determines the site and direction of the start of
transcription. Promoter activity is controlled by regulatory proteins that bind to promoter
sequences. In eukaryotic cells, promoter activity is also affected by epigenetic chromatin
modifications.
|
promotor |
Regulační úsek genu (operonu), který určuje místo a směr začátku transkripce. Aktivita promotoru
je řízena regulačními proteiny, které se vážou do promotorových sekvencí. U eukaryotických buněk
je aktivita promotoru ovlivněna i epigenetickými modifikacemi chromatinu.
|
USDA Agricultural Biotechnology Glossary |
| Protein |
A molecule composed of one or more chains of amino acids in a specific order. Proteins are
required for the structure, function, and regulation of the body's cells, tissues, and organs,
and each protein has a unique function.
|
Protein |
Molekula složená z jednoho nebo více řetězců aminokyselin v určitém pořadí. Proteiny jsou
vyžadovány pro strukturu, funkci a regulaci tělesných buněk, tkání a orgánů a každý protein má
jedinečnou funkci.
|
USDA Agricultural Biotechnology Glossary |
| protoplast transformation |
A method of transforming plant cells in which a cell wall is removed from the cells, which forms
the main mechanical barrier to DNA transfer. Subsequent transmission of DNA across the plasma
membrane can be facilitated by polyethylene glycol (PEG), electroporation, etc.
|
transformace protoplastů |
Metoda transformace rostlinných buněk, při které je z buněk odstraněna buněčná stěna, jež tvoří
hlavní mechanickou bariéru pro přenos DNA. Následný přenos DNA přes plasmatickou membránu může
být usnadněn polyethylen glykolem (PEG), elektroporací apod.
|
Plant biotechnology and genetics: principles, techniques, and applications. C. N. Stewart Jr,
editor. John Wiley & Sons, Hoboken, New Jersey, USA. 2007.
|
| Reading frame |
Reading frame is set by initiation codon in mRNA to establish the way how the linear
polynucleotide chain of mRNA should be read in sections of three nucletides (triplets, codons;
with the initiation codon as the first codon) and thus translated into individual amino acids of
the synthesized protein during the translation process.
|
Čtecí rámec |
Čtecí rámec je nastaven iniciačním kodonem v mRNA čímž se určí jak se lineární informace, daná
nukleotidy v mRNA, bude číst po úsecích 3 nukleotidů (tripletů, kodonů; přičemž iniciační kodon
je kodon č. 1) a tak překládat do jednotlivých aminokyselin syntetizované bílkoviny během
translace.
|
Green, Michael R.& Sambrook, Joseph.& Cold Spring Harbor Laboratory. Molecular cloning : a
laboratory manual.Cold Spring Harbor Laboratory Press Cold Spring Harbor, N.Y. 2012.
|
| Recombinant DNA |
A molecule of DNA formed by joining different DNA segments using recombinant DNA technology.
|
Rekombinantní DNA |
Molekula DNA vytvořená spojením různých segmentů DNA pomocí technologie rekombinantní DNA. |
USDA Agricultural Biotechnology Glossary |
| Recombinant DNA technology |
Procedures used to join together DNA segments in a cell-free system (e.g. in a test tube outside
living cells or organisms). Under appropriate conditions, a recombinant DNA molecule can be
introduced into a cell and copy itself (replicate), either as an independent entity
(autonomously) or as an integral part of a cellular chromozome.
|
Technologie rekombinantní DNA |
Postupy používané ke spojení segmentů DNA v bezbuněčném systému (např. ve zkumavce mimo živé
buňky nebo organismy). Za vhodných podmínek může být molekula rekombinantní DNA zavedena do
buňky a kopírovat se (replikovat), buď jako nezávislá entita (autonomně), nebo jako integrální
součást buněčného chromozomu.
|
USDA Agricultural Biotechnology Glossary |
| Risk |
A function of the probability of an adverse health effect and the severity of that effect,
consequential to a hazard (or hazards) in food
|
Riziko |
Odhad pravděpodobnosti nepříznivého účinku na zdraví a odhad závažnosti tohoto účinku v důsledku
výskytu jednoto nebo více nebezpečných činitelů v potravinách
|
EFSA Scientific Committee; Scientific Opinion on Risk Assessment Terminology. EFSA Journal
2012;10(5):2664. [43 pp.] doi:10.2903/j.efsa.2012.2664. Available online:
www.efsa.europa.eu/efsajournal
|
| Risk assessment |
A systematic process for gathering, assessing and documenting information to assign a level of
risk. Risk assessment includes four components — hazard identification, hazard characterization,
exposure assessment and risk characterisation
|
Hodnocení rizika |
Systematický proces shromažďování, posuzování a dokumentování informací k přiřazení úrovně
rizika. Posouzení rizik zahrnuje čtyři složky - identifikaci nebezpečí, charakterizaci
nebezpečí, hodnocení expozice a charakterizaci rizika
|
EFSA Scientific Committee; Scientific Opinion on Risk Assessment Terminology. EFSA Journal
2012;10(5):2664. [43 pp.] doi:10.2903/j.efsa.2012.2664. Available online:
www.efsa.europa.eu/efsajournal
|
| Risk Characterization |
Once the risk assessment team has carried out the hazard and exposure assessments, a level of
risk should be assigned. This process is called risk characterization
|
Charakteristika rizika |
Jakmile tým pro hodnocení rizika provede hodnocení nebezpečnosti a expozice následně
charakterizuje úroveň rizika. Tento proces se nazývá charakterizace rizik
|
WHO (2012) Rapid Risk Assessment of Acute Public Health Events. WHO/HSE/GAR/ARO/2012.1., Geneva,
Switzerland, 40 p.
https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/70810/WHO_HSE_GAR_ARO_2012.1_eng.pdf?sequence=1
|
| RNA sequencing |
A term usually used for a method of transcriptome analysis (transcriptom is a set of all RNAs of
a certain type found in an organism or part of it). For sequencing, RNAs are usually converted
into the complementary DNA (cDNA) and then massively parallel sequenced by one of the so-called
next generation sequencing (NGS) methods. The term was previously used for a method for direct
determination of the nucleotide sequence of RNA molecules.
|
RNA sekvenování |
Termín obvykle užívaný pro analýzy transkriptomu (souboru všech RNA určitého typu nacházejících
se v organismu či jeho části), při které jsou RNA zpravidla převedeny reverzní transkripcí do
komplementární DNA (cDNA) a poté hromadně sekvenovány některou z tzv. next generation sequencing
(NGS) metod. Dříve se termín používal také pro metodu přímého zjišťování sekvence RNA molekul.
|
Green, Michael R.& Sambrook, Joseph.& Cold Spring Harbor Laboratory. Molecular cloning : a
laboratory manual.Cold Spring Harbor Laboratory Press Cold Spring Harbor, N.Y. 2012.
|
| RT qPCR |
A method of analysis of gene expression at the transcript (mRNA) level . RNA molecules are first
quantitatively converted by reverse transcription (RT) into cDNA. Thereafter, the level of cDNA
is determined by so-called real-time quantitative PCR (qPCR), a reaction in which the course of
the reaction is monitored using fluorescent dyes or probes and the initial amount/concentration
of the template (monitored mRNA / cDNA) in the sample is calculated from this course.
|
RT qPCR |
Metoda analýzy genové exprese na úrovni hladiny transkriptu (mRNA). Molekuly RNA jsou nejprve
kvantitativně převedeny reverzní transkripcí (RT) do cDNA. Hladina cDNA je poté stanovována
pomocí tzv. kvantitativní real-time PCR (qPCR), při které je pomocí fluorescenčních barviček či
sond sledován průběh reakce a z tohoto průběhu je vypočteno výchozí množství/koncentrace
templátu - sledované mRNA (cDNA) ve vzorku.
|
Green, Michael R.& Sambrook, Joseph.& Cold Spring Harbor Laboratory. Molecular cloning : a
laboratory manual.Cold Spring Harbor Laboratory Press Cold Spring Harbor, N.Y. 2012.
|
| SDS PAGE |
A method of electrophoretic separation of proteins in polyacrylamide gel containing SDS
(SDS-PAGE). Incubation of proteins with SDS allows their separation based on their molecular
mass.
|
SDS PAGE |
Metoda elektroforetické separace proteinů v polyakrylamidovém gelu obsahujícím SDS (SDS-PAGE).
Inkubace proteinů s SDS umožňuje jejich následné rozdělení na základě jejich molekulové
hmotnosti.
|
Biochemistry, Third Edition, D. Voet, J.G.Voet, Wiley International Edition, 2004 |
| segregating generation |
Designation of a generation in which the descendants of the same parents are genotypically and
usually also phenotypically different. The reason is that at least one of the parents of such
offspring had to have one or more of the monitored genes in a heterozygous or hemizygous
arrangement.
|
štěpící generace |
Označení generace, v níž jsou potomci týchž rodičů genotypově a zpravidla i fenotypově
nejednotní. Minimálně jeden z rodičů štěpící generace tedy musel mít některý ze sledovaných genů
v heterozygotním či hemizygotním uspořádání.
|
Plant biotechnology and genetics: principles, techniques, and applications. C. N. Stewart Jr,
editor. John Wiley & Sons, Hoboken, New Jersey, USA. 2007.
|
| segregation analysis |
Analysis of allele transmission (and related phenotypic traits) between generations. This
analysis makes it possible to determine the zygosity of parents (difference of alleles on
homologous chromosomes carried by them), number of genes that influence the phenotypic trait,
gene linkage, genetic interactions, etc. In GMOs, it is used to verify the number of transgene
insertions, homozygous arrangement of the transgene (its presence on both homologous
chromosomes), etc.
|
analýza štěpných poměrů |
Analýza přenosu alel (a s nimi souvisejících fenotypových projevů) mezi generacemi. Tato analýza
umožňuje určit zygozitu rodičů (rozdílnost alel na jimi nesených homologních chromozómech),
počet genů podmiňujících sledovaný znak, genovou vazbu, genetické interakce aj. U GMO se mj.
využívá pro ověření počtu inzercí transgenu a homozygotního uspořádání (přítomnosti transgenu na
obou homologních chromozómech).
|
Plant biotechnology and genetics: principles, techniques, and applications. C. N. Stewart Jr,
editor. John Wiley & Sons, Hoboken, New Jersey, USA. 2007.
|
| Selectable marker |
A gene, often encoding resistance to an antibiotic or an herbicide, introduced into a group of
cells to allow identification of those cells that contain the gene of interest from the cells
that do not. Selectable markers are used in genetic engineering to facilitate identification of
cells that have incorporated another desirable trait that is not easy to identify in individual
cells.
|
Selektovatelný marker |
Gen, který často kóduje rezistenci na antibiotikum nebo herbicid, zavedený do skupiny buněk, aby
umožnil identifikaci těch buněk, které obsahují požadovaný gen, z buněk, které jej neobsahují.
Selektovatelné markery se používají v genetickém inženýrství k usnadnění identifikace buněk,
které začleňují další žádoucí znak, který není snadné identifikovat v jednotlivých buňkách.
|
USDA Agricultural Biotechnology Glossary |
| selectable marker/gene |
A gene whose expression in a cell or organism makes it possible to distinguish those who carry
the gene from those who do not carry (express) the gene. The selection of cells or organisms
that carry the gene can be positive (the gene expression brings an advantage under the given
conditions), negative (the gene expression brings a disadvantage), or the selection can also be
visual (in the case of reporter genes).
|
Selekční gen |
Gen, jehož exprese v buňce či organismu umožňuje odlišení nositelů tohoto genu od buněk či
organismů, které tento gen nenesou (neexprimují). Selekce nositelů selekčního genu může být
pozitivní (exprese genu přináší v daných podmínkách výhodu), negativní (nositelé jsou
znevýhodněni), nebo může být selekce i čistě vizuální (v případě reportérových genů).
|
Plant biotechnology and genetics: principles, techniques, and applications. C. N. Stewart Jr,
editor. John Wiley & Sons, Hoboken, New Jersey, USA. 2007.
|
| Reporter genes, syn. Selection marke |
Reporter genes code for molecules that can be readily identified visually or by biochemical
assays, allowing the identification of cells/tissue expressing the introduced protein
|
Reportérový gen, syn. selekční gen |
Reporterové geny kódují molekuly, které lze snadno identifikovat vizuálně nebo biochemickými
testy, což umožňuje identifikaci buněk / tkání exprimujících zavedený protein
|
Plant biotechnology and genetics: principles, techniques, and applications. C. N. Stewart Jr,
editor. John Wiley & Sons, Hoboken, New Jersey, USA. 2007.
|
| Selective breeding |
Making deliberate crosses or matings of organisms so the offspring will have particular desired
characteristics derived from one or both of the parents.
|
Selektivní křížení |
Provádění záměrných křížení nebo páření organismů, aby potomstvo mělo konkrétní požadované
vlastnosti odvozené od jednoho nebo obou rodičů.
|
USDA Agricultural Biotechnology Glossary |
| self-pollinating species |
Self-pollination is the ability of some monoecious plants to produce offspring (seeds) after
pollination with their own pollen (pollen from a genetically identical plant). Self-pollinating
plants can also be pollinated with pollen from genetically different individuals
(cross-pollination).
|
samosprašný druh |
Samosprašnost je schopnost některých jednodomých rostlin vytvořit potomstvo (semena) po opylení
vlastním pylem (pylem z geneticky identické rostliny). Samosprašné rostliny ale mohou být
opyleny i pylem z geneticky odlišných jedinců (cizosprašnost).
|
Plant biotechnology and genetics: principles, techniques, and applications. C. N. Stewart Jr,
editor. John Wiley & Sons, Hoboken, New Jersey, USA. 2007.
|
| Sequence homology |
Sequence similarity of nucleic acids or proteins resulting from their common origin (the
molecules evolved from a common ancestor). The two sequences are or are not homologous, but the
degree of homology cannot be quantified. Instead, a measure (percentage) of sequence identity or
sequence similarity is used for these comparisons.
|
Sekvenční homologie |
Podobnost sekvence nukleových kyselin či proteinů plynoucí z jejich společného původu (dané
molekuly mají společného předka). Dvě sekvence jsou či nejsou homologní, ale míru homologie
nelze kvantifikovat. Pro tato porovnání se používá míra (procento) sekvenční identity či
sekvenční podobnosti.
|
Green, Michael R.& Sambrook, Joseph.& Cold Spring Harbor Laboratory. Molecular cloning : a
laboratory manual.Cold Spring Harbor Laboratory Press Cold Spring Harbor, N.Y. 2012.
|
| Sequence similarity (%) |
Quantifiable degree of similarity of protein sequences determined by the presence of amino acid
residues with similar physicochemical properties.
|
Sekvenční podobnost (%) |
Kvantifikovatelná míra podobnosti proteinových sekvencí stanovená na základě přítomnosti
aminokyselinových zbytků s podobnými fyzikálně chemickými vlastnostmi.
|
Green, Michael R.& Sambrook, Joseph.& Cold Spring Harbor Laboratory. Molecular cloning : a
laboratory manual.Cold Spring Harbor Laboratory Press Cold Spring Harbor, N.Y. 2012.
|
| Southern hybridization (Southern blotting) |
A method for detection of DNA restriction fragments transferred in denatured single-stranded
form from an electrophoretic gel to a solid membrane. Detection is based on sequence-specific
binding (hybridization) of a labeled probe (a complementary nucleic acid).
|
Southernova hybridizace |
"Metoda detekce restrikčních fragmentů DNA přenesených v denaturované jednovláknové formě z
elektroforetického gelu na pevnou membránu. Detekce je založena na sekvenčně specifické vazbě
(hybridizaci) značené sondy (úseku komplementární nukleové kyseliny)."
|
NHI NCI dictionary of genetic terms |
| Stacked events |
"stacked events" is the product of conventional crossing between existing independent events,
and as such, a special subset of "multiple events" (i.e. a GMO carrying multiple modifications,
at one locus or different loci).
|
Vícenásobné události (inserce více transgenů v jednom genotypu) |
„skládané události“ jsou produktem konvenčního křížení mezi existujícími nezávislými událostmi,
a jako taková, speciální podmnožina „více událostí“ (tj. GMO nesoucí více modifikací, na jednom
místě nebo různých místech).
|
Taverniers, Isabel, et al. "Gene stacking in transgenic plants: towards compliance between
definitions, terminology, and detection within the EU regulatory framework." Environmental
biosafety research 7.04 (2008): 197-218.
|
| Subacute exposure |
Subacute toxicity includes scenarios longer than 24 hours and less than one month |
Subakutní expozice |
Subakutní toxicita zahrnuje scénáře delší než 24 hodin a kratší jednoho měsíce |
Manuál prevence v lékařské praxi. VIII. Základy hodnocení zdravotních rizik (Ed. Provazník,K.,
Cikrt, M., Komárek, L.), Státní zdravotní ústav, Praha, 2000, 158 s.
|
| Subchronic exposure |
Subchronic toxicity is limited by exposure from 1 to 3 months |
Subchronická expozice |
Subchronická toxicita je ohraničena expozicí od 1. do 3. měsíců |
Manuál prevence v lékařské praxi. VIII. Základy hodnocení zdravotních rizik (Ed. Provazník,K.,
Cikrt, M., Komárek, L.), Státní zdravotní ústav, Praha, 2000, 158 s.
|
| Substantial equivalence |
The concept of substantial equivalence holds that the safety of a new food, particularly one
that has been genetically modified (GM), may be assessed by comparing it with a similar
traditional food that has proven safe in normal use over time
|
Základní ekvivalence |
Koncept základní ekvivalence je založen na tom, že bezpečnost nové potraviny, zejména geneticky
modifikované (GM), lze hodnotit jejím porovnáním s podobnou tradiční potravinou, která se v
průběhu času ukázala jako bezpečná při běžném používání
|
OECD (1993) Safety Evaluation of Foods Derived by Modern Biotechnology: Concepts and Principles,
84 pp. http://www.oecd.org/science/biotrack/41036698.pdf
|
| Tradiční šlechtění |
Modification of plants and animals through selective breeding. Practices used in traditional
plant breeding may include aspects of biotechnology such as tissue culture and mutational
breeding.
|
Tradiční šlechtění |
Úpravy rostlin a živočichů prostřednictvím selektivního křížení. Postupy používané při tradičním
šlechtění rostlin mohou zahrnovat aspekty biotechnologie, jako je tkáňová kultura a mutační
šlechtění.
|
USDA Agricultural Biotechnology Glossary |
| transformation event (event) |
One particular integration of the inserted DNA segment into a particular site of the recipient's
genome. The event is characterized by the exact sequence of the inserted DNA and by the site of
integration, in which further changes in the DNA sequence usually occur in connection with the
insertion.
|
Transformační událost (událost) |
Jedna konkrétní integrace vnášeného úseku DNA do konkrétního místa genomu příjemce. Událost je
charakterizována jednak přesnou zachovanou sekvencí vložené DNA, a jednak místem integrace, v
němž zpravidla dojde i k dalším změnám v sekvenci DNA v souvislosti se začleněním.
|
Plant biotechnology and genetics: principles, techniques, and applications. C. N. Stewart Jr,
editor. John Wiley & Sons, Hoboken, New Jersey, USA. 2007.
|
| Transgen |
A gene from one organism inserted into another organism by recombinant DNA techniques. |
Transgen |
Gen z jednoho organismu vložený do jiného organismu technikami rekombinantní DNA. |
USDA Agricultural Biotechnology Glossary |
| ORF - open reading frame |
A portion of a nucleic acid (DNA, RNA) translatable into a contiguous polypeptide chain. The ORF
starts with a start codon (usually ATG / AUG) and ends with a stop codon (TAA, TGA, TAG / UAA,
UGA, UAG). Bioinformatics analyses of GMOs evaluate whether unwanted ORFs encoding potentially
dangerous polypeptides have formed at the insertion site.
|
ORF - otevřený čtecí rámec |
Úsek nukleové kyseliny (DNA, RNA) přeložitelný do souvislého polypeptidového řetězce. ORF počíná
start kodónem (zpravidla ATG / AUG) a končí stop kodónem (TAA, TGA, TAG / UAA, UGA, UAG). Při
bioinformatických analýzách GMO se mj. hodnotí, zda se v místě inzerce vkládané DNA nevytvořily
nežádoucí ORF kódující potenciálně nebezpečné polypeptidy.
|
Green, Michael R.& Sambrook, Joseph.& Cold Spring Harbor Laboratory. Molecular cloning : a
laboratory manual.Cold Spring Harbor Laboratory Press Cold Spring Harbor, N.Y. 2012.
|
| Variety |
A subdivision of a species for taxonomic classification also referred to as a 'cultivar.' A
variety is a group of individual plants that is uniform, stable, and distinct genetically from
other groups of individuals in the same species.
|
Varieta |
Členění druhu pro taxonomickou klasifikaci označované také jako „kultivar“. Odrůda je skupina
jednotlivých rostlin, která je uniformní, stabilní a geneticky odlišná od ostatních skupin
jedinců stejného druhu.
|
USDA Agricultural Biotechnology Glossary |
| Vector |
1. A type of DNA element, such as a plasmid, or the genome of a bacteriophage, or virus, that is
self-replicating and that can be used to transfer DNA segments into target cells. 2. An insect
or other organism that provides a means of dispersal for a disease or parasite.
|
Vektor |
1. Typ DNA, jako je plazmid nebo genom bakteriofága nebo viru, který se sám replikuje a lze jej
použít k přenosu segmentů DNA do cílových buněk. 2. Hmyz nebo jiný organismus, který umožňuje
šíření choroby nebo parazita.
|
USDA Agricultural Biotechnology Glossary |
| Agroinfiltration | Agroinfiltration is a method used in plant biotechnology. It is based on injection of Agrobacterium cells suspension to intercellar spaces in plant leaves. DNA fragments transferred by Agrobacterium to plant cells induce transient expression of introduced genes in order to produce a desired protein. It is also a way to introduce cDNA copy of plant viruses and viral vectors. | Agro-infiltrace | Agroinfiltrace je metoda používaná v rostlinných biotechnologiích. Je založena na injekci suspenze buněk Agrobacteria do mezibuněčných prostorů v listech rostlin. Fragmenty DNA přenesené Agrobacteriem do rostlinných buněk indukují přechodnou expresi vnesených genů za účelem produkce požadovaného proteinu. Je to také způsob, jak zavést cDNA kopii rostlinných virů a virových vektorů. | Debler, J.W., Henares, B.M. Lee, R.C. Agroinfiltration for transient gene expression and characterisation of fungal pathogen effectors in cool-season grain legume hosts. Plant Cell Rep, 2021, 40, 805–818. https://doi.org/10.1007/s00299-021-02671-y |
| Androgenesis | Androgenesis is a genuinely weird form of quasi-sexual reproduction of some eukaryote species eg plants in which a male's gamete develops to produce a new male, a clone or sub-clone of his father. In its original definition, androgenesis referred to when a sperm or sperm cell nucleus fuses with an egg (egg cell) nucleus, but the nuclear genome of the mother is eliminated by the paternal genome. In some plant species, androgenesis can be induced artificially by reprogramming the developmental program of immature microspores (e.g. by heat shock). Haploid individual obtained in this way can produce completely homozygous plants (dihaloids) by spontaneous or induced duplication of their genome. | Androgeneze | Androgeneze je zvláštní forma zdánlivě sexuální reprodukce některých eukaryotických druhů např. rostlin, při které se samčí gameta vyvíjí za vzniku nového samce, klonu nebo subklonu jeho otce. Ve své původní definici se o androgenezi hovořilo tehdy, když jádro spermie (spermatické buňky) splyne s jádrem vajíčka (vaječné buňky), ale jaderný genom matky je eliminován otcovským genomem. U některých rostlin může být androgeneze indukována uměle přeprogramováním vývojového programu nezralých mikrospor (např. tepelným šokem). Z takto získaných haploidních jedinců lze získat kompletně homozygotní rostliny (dihaloidy) po spontánním či indukovaným zdvojení jejich genomu. | Schwander, T., Oldroyd, BP. Androgenesis: where males hijack eggs to clone themselves. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci, 2016, 371(1706):20150534. https://doi.org/10.1098/rstb.2015.0534 |
| Antisence ORF reading | In molecular genetics, an open reading frame (ORF) is the part of a reading frame that has the ability to be translated. An ORF is a continuous stretch of codons that may begin with a start codon (usually AUG) and ends at a stop codon. DNA stretches may be read in sense and also antisense direction. For GMO safety assessment possible antisense ORFs are evaluated. | Protisměrné čtení ORF | V molekulární genetice je otevřený čtecí rámec (ORF) součástí čtecího rámce, který má schopnost být přeložen do bílkoviny. ORF je kontinuální úsek kodonů, který můžezačínat startovacím kodonem (obvykle AUG) a končí stop kodonem. Úseky DNA lze číst jak ve směru ORF (sense) -t.j. ve směru 5´--> 3´ kodovacího vlákna DNA dvoušroubovice tak protisměrně (antisense) - t.j. čtení antisense je také ve směru 5´--> 3´, ale komplementárního vlákna DNA dvoušroubovice. | Sieber, Patricia; Platzer, Matthias; Schuster, Stefan (March 2018). "The Definition of Open Reading Frame Revisited". Trends in Genetics. 34 (3): 167–170. doi:10.1016/j.tig.2017.12.009. ISSN 0168-9525. PMID 29366605. |
| Binding site | A binding site is a region on a macromolecule such as a protein that binds to another molecule with specificity. The binding partner of the macromolecule is often referred to as a ligand. A molecule that binds to another molecule, used especially to refer to a small molecule that binds specifically to a larger molecule. | Vazebné místo | Vazebné místo je oblast na makromolekule např. proteinu, kterým se specificky váže s jinou molekulou. Takový vazebný partner makromolekuly je často označován jako ligand, tj. obvykle malou molekulu, která se specificky váže na makromolekulu | U.S. National Library of Medicine: https://meshb.nlm.nih.gov/record/ui?name=Binding%20Sites |
| Cas | Abbreviation of CRISPR-associated, which usually refer to nuclease which cleaves target nucleic acid recognized by a complementary crRNA or by a sgRNA in the biotechnologically adopted CRISPR tool used for genome editing. The most frequently used nuclease is Cas9, although other related enzymes can have higher specificity. | Cas | Zkratka pro "CRISPR-associated", která obvykle označuje nukleázu, jež štěpí cílovou nukleovou kyselinu rozpoznávanou komplementární crRNA nebo sgRNA v biotechnologicky upraveném CRISPRu používaném pro editaci genomů . Nejčastěji používanou nukleázou je Cas9, i když jiné příbuzné enzymy mohou mít vyšší specificitu. | Charpentier E, Richter H, van der Oost J, White MF (2015). "Biogenesis pathways of RNA guides in archaeal and bacterial CRISPR-Cas adaptive immunity". FEMS Microbiology Reviews. 39 (3): 428–441. doi:10.1093/femsre/fuv023 |
| cell fusion | The process in which the plasma membranes of two (or more) adjacent cells fuse and their cytoplasms mix together. After that, the nuclei may or may not fuse as well. In nature, cell fusions occur naturally during development and cell differentiation. However, we can also induce cell fusion artificially. It is important, for example, in the production of hybridomas. In case of plant cells, cell wall prevents fusion, so protoplasts must first be prepared. | buněčná fúze | Proces, při kterém dojde ke splynutí plasmatických membrán dvou (či více) sousedících buněk a promísení jejich cytoplasmy. Poté může, ale nemusí dojít i ke splynutí jader. V přírodě dochází k buněčným fúzím přirozeně při vývoji a buněčné diferenciaci. Buněčnou fúzi ale můžeme vyvolat i uměle. Významná je např. při produkci hybridomů. V případě rostlinných buněk brání fúzi buněčná stěna, proto je třeba nejprve připravit protoplasty. | Ogle, B. M.; Cascalho, M.; Platt, J. L. (2005). "Biological implications of cell fusion". Nature Reviews Molecular Cell Biology. 6 (7): 567–575. doi:10.1038/nrm1678 |
| Chemical mutagenesis | Chemical mutagenesis is an alternate approach to induce and isolate mutations of interest with the potential of only single nucleotide changes. Difficulty in identifying mutation sites had transiently decreased the popularity of this technique, but next generation sequencing methods together with sofisticated computer analysis of sequencing data significantly simplified identification of the mutation sites. E.g. the DNA alkylating agent N-methyl-N'-nitro-N-nitrosoguanidine is used to increase the frequency of mutations. | Chemická mutageneze | Chemická mutageneze je jednou z metod jak vyvolat a isolovat požadované mutace s potenciálem měnit jen jednotlivé nukleotidy. Obtížnost identifikace mutačních míst dočasně snížila popularitu této kdysi standardní metody. Zavedení metod sekvenování nové generace spolu se sofistikovanou počítačovou analýzou sekvenačních dat ale v posledních letech identifikaci míst mutace výrazně zjednodušily. Ke zvýšení frekvence mutací se používá např. DNA alkylační činidlo N-methyl-N'-nitro-N-nitrosoguanidin. | Bose JL. Chemical and UV Mutagenesis. Methods Mol Biol. 2016, 1373:111-115. https://doi.org/10.1007/7651_2014_190 Nordström KJ, Albani MC, James GV, Gutjahr C, Hartwig B, Turck F, Paszkowski U, Coupland G, Schneeberger K. Mutation identification by direct comparison of whole-genome sequencing data from mutant and wild-type individuals using k-mers. Nat Biotechnol. 2013 Apr;31(4):325-30. doi: 10.1038/nbt.2515 |
| cisgenesis | Genetic modification in which a gene including its regulatory sequences (an intact section of DNA) is transferred between two organisms of the same species or species that can be crossed with each other. Thus, the product of cisgenesis can arise naturally (albeit with a very low probability). | Cisgenoze | Genetická modifikace, při které je přenesen gen včetně jeho regulačních sekvencí (celistvý úsek DNA) mezi dvěma organismy stejného druhu či druhy vzájemně křížitelnými. Produkt cisgenoze by tedy mohl (byť s velmi nízkou pravděpodobností) vzniknout i přirozenou cestou. | Schouten HJ, Krens FA, Jacobsen E. Cisgenic plants are similar to traditionally bred plants: international regulations for genetically modified organisms should be altered to exempt cisgenesis. EMBO Rep. 2006;7(8):750-753. doi:10.1038/sj.embor.7400769 |
| Cleavage site | The scientific term for a site in a molecule where its cleavage and breaking apart can take place. Typically refers to splitting apart a long polymeric molecule like DNA, RNA, or protein. For example, a nuclease like Cas9 can be directed to cleave DNA at a specific location. | Štěpné místo | Vědecký termín pro místo, kde dochází k rozštěpení nebo rozpadnutí nějaké molekuly. Typicky dlouhé polymerní molekuly, jako je DNA, RNA nebo proteiny se tak rozpadnou na kratší fragmenty. Nukleázu, jako je Cas9, lze například nasměrovat tak, aby štěpila DNA na konkrétním místě. | Medical Dictionary for the Health Professions and Nursing © Farlex 2012 |
| Complementary sequences | "Describes any two DNA, RNA or DNA-RNA sequences that can form a series of base pairs with each other (hybridize). Each base forms a bond with a complementary partner. T (DNA) and U (RNA) bond with A, and C complements G." | Komplementární sevence | Typicky se vztahuje na jakékoliv dvě sekvence DNA , RNA nebo ve dvojici DNA-RNA, které mohou hybridizovat, tj. párovat se, a to na základě tzv. komplementarity bazí v sekvencích obou partnerů. Tj. T v DNA a U v RNA v jednom řetězci vytvoří vazbu s A v partnerském řetězci a C se váže s G. | https://groups.molbiosci.northwestern.edu/holmgren/Glossary/Definitions/Def-C/complementary_sequence.html |
| Conventional breeding | Conventional plant breeding is the development or improvement of cultivars using conservative tools for manipulating plant genome within the natural genetic boundaries of the species. | Konvenční šlechtění | Konvenční šlechtění rostlin je vyvinutí nebo zdokonalení kultivarů pomocí konzervativních nástrojů pro manipulaci s genomem rostlin v rámci přirozených genetických hranic pro uvedený druh. | Acquaah, G. Conventional plant breeding principles and techniques. In: Al-Khayri J., Jain S., Johnson D. (eds) Advances in Plant Breeding Strategies: Breeding, Biotechnology and Molecular Tools. Springer, Cham. 2015. https://doi.org/10.1007/978-3-319-22521-0_5 |
| CRISPR | An adaptive immune system found in bacteria and archaea, co-opted as a genome engineering tool (acronym of “clustered regularly interspaced short palindromic repeats”). The basic principle of CRISPR action is recognition of the target DNA (RNA) molecule based on the complementarity with guiding RNA molecule and subsequent cleavage of the target by CRISPR-asociated nuclease (Cas). | CRISPR | Adaptivní imunitní systém bakterií a archeí, dnes hojně využívaný jako nástroj genomového inženýrství. Zkratka CRISPR je odvozena od „clustered regularly interspaced short palindromic repeats“. Základním principem CRISPR aktivity je rozpoznání molekuly cílové DNA (RNA) na základě komplementarity s naváděcí molekulou RNA, následované rozštěpením cílové molekuly nukleázou asociovanou s CRISPR (CRISPR-associated, Cas). | Charpentier E, Richter H, van der Oost J, White MF (2015). "Biogenesis pathways of RNA guides in archaeal and bacterial CRISPR-Cas adaptive immunity". FEMS Microbiology Reviews. 39 (3): 428–441. doi:10.1093/femsre/fuv023 |
| CRISPR/Cas9 | An adaptive immune CRISPR system from bacteria Streptococcus pyogenes, which is the most frequently used tool for genome engineering. The target DNA sequence is recognised by CRISPR/Cas9 based on the complementarity with guide RNA molecule (sgRNA or crRNA) and subsequently cleaved by the Cas9 nuclease. | CRISPR/Cas9 | Adaptivní imunitní CRISPR systém bakterie Streptococcus pyogenes, který je nejčastěji využívaným nástrojem pro editace genomu. Cílová sekvence DNA je rozpoznána CRISPR/Cas9 na základě komplementarity s molekulou RNA (sgRNA nebo crRNA) a následně rozštěpena nukleázou Cas9. | Charpentier E, Richter H, van der Oost J, White MF (2015). "Biogenesis pathways of RNA guides in archaeal and bacterial CRISPR-Cas adaptive immunity". FEMS Microbiology Reviews. 39 (3): 428–441. doi:10.1093/femsre/fuv023 |
| CRISPRa | CRISPRa stands for CRISPR activation, the method for arteficial switching on the expression of a selected gene by specific targeting of transcriptional activators to promoter region of such gene. This targeting is mediated by fusing the activator with an endonuclease activity-deficient Cas9 (dCas9) targeted by sgRNA. | CRISPRa | CRISPRa znamená aktivaci exprese genu pomocí CRISPR. Jedná se o způsob umělého spuštění exprese vybraného genu specifickým zacílením transkripčních aktivátorů do jeho promotorové oblasti. Cílení aktivátoru je dosaženo jeho fúzí s mutovanou formou Cas9 nukleázy neschopnou endonukleolytického štěpení (dCas9). | Gilbert LA, Horlbeck MA, Adamson B, et al. Genome-Scale CRISPR-Mediated Control of Gene Repression and Activation. Cell. 2014;159(3):647-661. doi:10.1016/j.cell.2014.09.029 |
| CRISPRi | CRISPRi stands for CRISPR inhibition, the method for arteficial switching off the expression of a selected gene by specific targeting of transcriptional repressors to promoter region of such gene. This targeting is mediated by fusing the repressor with an endonuclease activity-deficient Cas9 (dCas9) targeted by sgRNA. CRISPRi can achieve 90–99% knockdown with minimal off-target effects. | CRISPRi | CRISPRa znamená inhibici exprese genu pomocí CRISPR. Jedná se o způsob umělého vypnutí exprese vybraného genu specifickým zacílením transkripčních represorů do jeho promotorové oblasti. Cílení represoru je dosaženo jeho fúzí s mutovanou formou Cas9 nukleázy neschopnou endonukleolytického štěpení (dCas9). CRISPRi může dosahovat 90–99% snížení exprese cílového genu s minimálními efekty mimo vybraný cílový gen. | Gilbert LA, Horlbeck MA, Adamson B, et al. Genome-Scale CRISPR-Mediated Control of Gene Repression and Activation. Cell. 2014;159(3):647-661. doi:10.1016/j.cell.2014.09.029 |
| crRNA | Abbreviation for “CRISPR RNA”. It is a small RNA molecule containing a region specifically recognizing target DNA (RNA) molecules. In naturally occurring CRISPR-Cas defense system a cluster of short DNA sequences provides a memory of prior infections. These DNA sequnces are stored as spacer sequences, each of which is flanked by the same repeat sequences.These regions are transcribed into pre-crRNA, which are then processed into functional crRNAs. Interaction of crRNA with the executive Cas endonuclease is mediated by tracrRNA. | crRNA | Zkratka pro „CRISPR RNA“. Jedná se o malou molekulu RNA obsahující oblast specificky rozpoznávající cílové molekuly DNA (RNA). V přirozeně se vyskytujícím obranném systému CRISPR-Cas slouží klustr krátkých sekvencí DNA jako paměť umožňující snadné rozpoznání dříve proběhlých infekcí. Tyto DNA sekvence jsou uloženy jako spacerové sekvence, z nichž každá je obklopena stejnými opakujícími se sekvencemi. Tyto oblasti jsou přepisovány do pre-crRNA, které jsou poté zpracovány na funkční crRNA. Interakce crRNA s výkonnou endonukleázou Cas je zprostředkována tracrRNA. | Karvelis T, Gasiunas G, Miksys A, Barrangou R, Horvath P, Siksnys V. crRNA and tracrRNA guide Cas9-mediated DNA interference in Streptococcus thermophilus. RNA Biol. 2013;10(5):841-851. doi:10.4161/rna.24203 McCarty, N.S., Graham, A.E., Studená, L. et al. Multiplexed CRISPR technologies for gene editing and transcriptional regulation. Nat Commun 11, 1281 (2020). https://doi.org/10.1038/s41467-020-15053-x |
| Cybrid | A cybrid (cytoplasmic hybrid) is a specific hybrid that results from the fusion of two eukaryotic cells, where one of the cells contains a nucleus but the other is without a nucleus (it contains only cytoplasm with mitochondria and, in the case of plant cells, also plastids). Thus, a cybrid contains the nuclear genome from one source and organelles from another (organelles are originally mixed together from both parent cells, but later cells containing only the organelles of the other parent are selected). Cytoplasmic hybrids are used in biotechnology, e.g. to transfer cytoplasmic male sterility to other genotypes. | Cybrid | Cybrid (cytoplazmatický hybrid) je specifický hybrid, který vzniká fúzí dvou eukaryotických buněk, kde jedna z buněk obsahuje jádro, ale druhá je bez jádra (obsahuje jen cytoplazmu s mitochondriemi a v případě rostlinných buněk také plastidy). Cybrid tedy obsahuje jaderný genom z jednoho zdroje a organely z druhého (organely jsou původně smíchány dohromady z obou rodičovských buněk, ale později jsou selekcí získány buňky obsahující pouze organely druhého z rodičů). Cytoplazmatické hybridy se používají v biotechnologiích, např. k přenosu cytoplazmatické samčí sterility na jiné genotypy. | Collins Online English Dictionary, https://www.collinsdictionary.com/dictionary/english/cybrid; YOUR DICTINARY, https://www.yourdictionary.com/cybrid |
| Cytoplasmic male (pollen) sterility | Cytoplasmic male sterility (CMS) is a cytoplasmatically (maternally) inherited trait connected with inability to produce functional pollen. It occurs in many plant species and is associated with mutations in the mitochondrial genome that interfere with mitochondrial function and pollen development. Nuclear restorer genes may exist that function to suppress the deleterious effects of such mutation. | Cytoplasmatická samčí (pylová) sterilita | Cytoplazmatická samčí (pylová) sterilita (CMS) je cytoplazmaticky (maternálně) děděný znak spojený s neschopností produkovat funkční pyl. Vyskytuje se u mnoha druhů rostlin a je spojena s mutacemi v mitochondriálním genomu, které interferují s mitochondriální funkcí a vývojem pylu. Pro danou mutaci může existovat jaderný gen (nuclear restorer), který potlačuje škodlivé účinky takové mutace. | Schnable PS, Wise RP. 1998. The molecular basis of cytoplasmic male sterility and fertility restoration. Trends in Plant Science 3: 175-180, https://doi.org/10.1016/S1360-1385(98)01235-7 |
| Double-strand break repair | Crucial cell process repairing DNA breaks on both strands of the double-helix (DSB). Fast repair is essential for maintaining genomic stability. There are several different pathways of DSB repair; the most important are (i) classical Non-Homologous End Joining (c-NHEJ), (ii) Homologous Recombination (HR) and (iii) Microhomology Mediated End Joining (MMEJ). | Oprava dvojitého zlomu | Klíčový buněčný proces opravující přerušení DNA na obou vláknech dvoušroubovice (DSB). Rychlá oprava je nezbytná pro udržení stability genomu. Existuje několik různých způsobů opravy DSB; nejdůležitější jsou (i) klasické nehomologní spojování konců (c-NHEJ), (ii) homologní rekombinace (HR) a (iii) mikrohomologií zprostředkované spojování konců (MMEJ). | Scully, R., Panday, A., Elango, R. et al. DNA double-strand break repair-pathway choice in somatic mammalian cells. Nat Rev Mol Cell Biol 20, 698–714 (2019). https://doi.org/10.1038/s41580-019-0152-0 |
| Doublehaploid (dihaploid) | Inividuals with completely homozygous genome. In plant breeding, they are produced from haploid plants (obtained e.g. by the process of andro- or gynogenesis) by doubling their chromosomal set. This doubling can occur either by spontaneous endoreduplication or can be induced chemically, e.g. by colchicine (a microtubule drug) treatment. | Dihaploidní organismy | Jedinci se zcela homozygotním genomem. Při šlechtění rostlin jsou získáváni z haploidních rostlin (získávaných například procesem andro- nebo gynoneneze) zdvojením jejich chromozomální sady. Toto zdvojení může nastat buď spontánní endoreduplikací, nebo může být vyvoláno chemicky, např. ošetřením kolchicinem (mikrotubulárním jedem). | Niu, Z., Jiang, A., Abu Hammad, W., Oladzadabbasabadi, A., Xu, S.S., Mergoum, M. and Elias, E.M. (2014), Review of doubled haploid production in durum and common wheat through wheat × maize hybridization. Plant Breed, 133: 313-320. https://doi.org/10.1111/pbr.12162 |
| Effector | In biochemistry, an effector is that molecule that binds to a specific protein, and regulates the latter’s biological activity. An effector molecule acts as a ligand that is capable of increasing or decreasing the activity of that protein. It can also regulate the activity of certain mRNA molecules. | Efektor | V biochemii je efektor molekula, která se váže na specifický protein a reguluje jeho biologickou aktivitu. Efektorová molekula působí jako ligand, který je schopen zvýšit nebo snížit aktivitu tohoto proteinu. Může také regulovat aktivitu určitých molekul mRNA. | https://www.biologyonline.com/dictionary/effector |
| Endoreduplikace | A specific course of the cell cycle in which, after the S-phase, there is no mitosis, in which duplicated chromatids are divided into daughter nuclei. As a result, the chromosome set doubles and a cell with double ploidy is formed. Endoreduplication is important, for example, in plant breeding - in the formation of dihaploids. However, it also occurs naturally in a number of plant body cells. | Endoreduplikace | Specifický průběh buněčného cyklu, při kterém po proběhlé S-fázi nedojde k mitóze, při níž se rozdělují duplikované chromatidy do dceřinýách jader. Důsledkem toho dochází ke zdvojení chromozomové sady a vzniká buňka s dvojnásobnou ploidií. Endoreduplikace je důležitá např. při šlechtění rostlin - tvorbě dihaploidů. U rostlin se ale přirozeně vyskytuje i v řadě tělních buněk. | Lee HO, Davidson JM, Duronio RJ. Endoreplication: polyploidy with purpose. Genes Dev. 2009;23(21):2461-2477. doi:10.1101/gad.1829209 |
| Epigenetics | Epigenetics is the term that is widely used to describe the chromatin-related molecular processes that may alter gene expression without changing the DNA sequence. In general, epigenetic modifications can be inherited both mitotically and meiotically. These epigenetic modifications play essential roles in gene regulation in which case epigenetic marks such as DNA methylation and histone modifications are often described as switches that regulate mostly transcription. | Epigenetika | Epigenetika je termín, který je široce používán k popisu molekulárních procesů souvisejících s chromatinem, které mohou měnit genovou expresi beze změny sekvence DNA. Epigenetické modifikace lze obecně dědit mitoticky i meioticky. Tyto epigenetické modifikace hrají zásadní roli v genové regulaci a v takovém případě jsou epigenetické značky, jako je methylace DNA a modifikace histonů, často popisovány jako přepínače, které regulují především transkripci. | Pang, Y.-Y., Lu, R.J.-H., Chen, P.-Y. Behavioral Epigenetics: Perspectives Based on Experience-Dependent Epigenetic Inheritance. Epigenomes, 2019, 3, 18. https://doi.org/10.3390/epigenomes3030018 |
| Exemption (deregulation) | The action of freeing or state of being free from an obligation or liability imposed on others. Here deliberation from GMO regulation. | Osvobození (deregulace) | Osvobození (vynětí) nebo stav osvobození od povinnosti nebo odpovědnosti uložené podle jiného předpisu. Zde vynětí z regulace GMO. | webster dictionary |
| Gene drive | A mechanism for preferential inheritance of a particular DNA sequence. Usually, offspring have a semi-random chance of inheriting a given stretch of DNA from either parent. In a scientist-designed gene drive, a gene is engineered to have a 100% chance of being passed on. Gene drives can force the inheritance of a desirable trait through a population of organisms. For example, this approach could potentially make all mosquitoes incapable of transmitting the malaria parasite. | Genový posun | Mechanismus přednostní dědičnosti určité sekvence DNA. Obvykle potomci dědí daný úsek DNA s poloviční pravděpodobností, ale náhodně, od každého z rodičů. V genovém posunu navrženém vědci je gen navržen tak, aby měl 100% šanci, že bude předán dál. Genové posuny mohou vynutit dědičnost žádoucí vlastnosti v celé populaci organismů. Tento přístup by například mohl potenciálně učinit všechny komáry neschopnými přenášet parazita malárie. | https://innovativegenomics.org/glossary/ |
| Gene editing | A synonymum for genome editing or genome engeneering. These two terms better express the principle of the used methods. While editing of a gene (as such) can be easily done with an isolated gene in vitro, editing of a gene within a genome (genome editing) has to be done in a living cell which is technically more challenging. | Genová editace | Synonymum pro editování (editaci, úpravu) genomu. Tento termín lépe vyjadřuje princip používaných metod. Zatímco editaci genu (jako takovou) lze snadno provést s izolovaným genem in vitro, editaci genu přímo v genomu (editace genomu) je třeba provést v živé buňce, což je technicky výrazně náročnější. | Mackelprang, R., Lemaux, P.G. Genetic Engineering and Editing of Plants: An Analysis of New and Persisting Questions, Annual Review of Plant Biology, 2020, 71:1, 659-687. https://doi.org/10.1146/annurev-arplant-081519-035916; Chen, K., Wang,Y., Zhang, R., Zhang, H., Gao, C. CRISPR/Cas Genome Editing and Precision Plant Breeding in Agriculture. Annual Review of Plant Biology, 2019, 70:1, 667-697. https://doi.org/10.1146/annurev-arplant-050718-100049 |
| Gene knockout | A mutation causing complete and irreversible inactivation of gene function. Different type of mutations can cause gene knockout, typically long deletion, deletions and insertions located at the beginning of the gene and changing the reading frame, non-sense mutations introducing STOP codons at the beginning of the gene. | Knockout (inaktivace) genu | Mutace způsobující úplnou a nevratnou inaktivaci genové funkce. Úplné vyřazení genu mohou způsobit různé typy mutací, typicky se jedná o dlouhé delece, delece a inzerce umístěné na začátku genu a měnící čtecí rámec, non-sense mutace na začátku genu zavádějící STOP kodony. | Mackelprang, R., Lemaux, P.G. Genetic Engineering and Editing of Plants: An Analysis of New and Persisting Questions, Annual Review of Plant Biology, 2020, 71:1, 659-687. https://doi.org/10.1146/annurev-arplant-081519-035916; Chen, K., Wang,Y., Zhang, R., Zhang, H., Gao, C. CRISPR/Cas Genome Editing and Precision Plant Breeding in Agriculture. Annual Review of Plant Biology, 2019, 70:1, 667-697. https://doi.org/10.1146/annurev-arplant-050718-100049 |
| Gene mutation | A change in the nucleotide sequence of a gene that can result in the exchange of nucleotide(s), insertion or loss of one or more nucleotides. The effect of a mutation on the function of the encoded protein depends on the nature and location of the mutation. The mutation may be (e.g. due to degenerated genetic code) without any effect on the sequence and function of the protein, the effect on the function may be partial, or the gene may be completely inactivated (gene knockout). | Mutace genu | Změna nukleotidové sekvence genu, při které může dojít k záměně nukleotidu/ů, vložení či ztrátě jednoho či více nukleotidů. Vliv mutace na funkci kódovaného proteinu záleží na charakteru a místě mutace. Mutace může být (např. díky degenerovanému genetickému kódu) bez jakéhokoli vlivu na sekvenci a funkci proteinu, ovlivnění funkce může být částečné, nebo může být gen kompletně inaktivován (gene knockout). | Mackelprang, R., Lemaux, P.G. Genetic Engineering and Editing of Plants: An Analysis of New and Persisting Questions, Annual Review of Plant Biology, 2020, 71:1, 659-687. https://doi.org/10.1146/annurev-arplant-081519-035916; Chen, K., Wang,Y., Zhang, R., Zhang, H., Gao, C. CRISPR/Cas Genome Editing and Precision Plant Breeding in Agriculture. Annual Review of Plant Biology, 2019, 70:1, 667-697. https://doi.org/10.1146/annurev-arplant-050718-100049 |
| Gene silencing | Partial or complete inactivation of expression of the gene without changing its sequence. Gene expression can be silenced at the transcriptional level (Transcriptional Gene Silencing, TGS) or posttranscriptional level (Posttranscriptional Gene Silencing, PTGS). | "Umlčení" genu | Částečná nebo úplná inaktivace exprese genu bez změny jeho sekvence. Genovou expresi lze umlčet na transkripční úrovni (Transcriptional Gene Silencing, TGS) nebo posttranskripční úrovni (Posttranscriptional Gene Silencing, PTGS). | Frizzi A, Huang S. Tapping RNA silencing pathways for plant biotechnology. Plant Biotechnol J. 2010 Aug;8(6):655-77. doi: 10.1111/j.1467-7652.2010.00505.x |
| Genome editing | A set of techniques for inducing mutations in selected sites of a genome. These mutations do not involve integration of foreign DNA sequences (longer than approx. 10-20 nucleotides). Targeting to the specific site in the genome can be based on homologous recombination (HR), programmable DNA-binding protein domains (Zink-finger nucleases, Meganucleases, Trans Activator-like nucleases) or on a short RNA molecule serving as a guide (CRISPR/Cas). In HR-based editing, an oligonucleotide homologous to the target but containing the desired nucleotide sequence (oligonucleotide-directed mutagenesis, ODM) is introduced to the cell to serve as a template for editing (the frequency of editing can be increased by simultaneous induction of double-stranded break in the target locus). The other methods are mostly based on the induction of double- or single-stranded DNA break by a targeted nuclease. The break is either spontaneously repaired (the improper repair can introduce random mutation, usually causing gene inactivation) or when the nuclease is fused with an enzyme modifying nucleotides or with a reverse transcriptase, a specific desired mutations can be introduced. | Genomová editace | Sada technik pro indukci mutací ve vybraných místech genomu. Tyto mutace nezahrnují integraci cizích sekvencí DNA (delších než přibližně 10-20 nukleotidů). Cílení na konkrétní místo v genomu může být založeno na homologní rekombinaci (HR), programovatelných DNA-vazebných proteinových doménách (Zink-finger nukleázy, meganukleázy, TALEN) nebo na krátké molekule RNA (CRISPR/Cas). Při úpravách založených na HR se do buňky vnese oligonukleotid homologní k cílovému místu obsahujícímu požadovanou nukleotidovou sekvenci (oligonukleotidy řízená mutageneze, ODM), aby sloužil jako templát pro editaci (účinnost editace lze zvýšit současnou indukcí dvouvláknového zlomu v cílovém lokusu). Ostatní metody jsou většinou založeny na cílené indukci jedno- či dvojvláknového zlomu DNA nukleázou. Přerušení je buď spontánně opraveno (nesprávná oprava může zavést náhodnou mutaci, obvykle způsobující inaktivaci genu), nebo, když je nukleáza fúzována s enzymem modifikujícím nukleotidy nebo s reverzní transkriptázou, mohou být zavedeny specifické požadované mutace. | Li, H., Yang, Y., Hong, W. et al. Applications of genome editing technology in the targeted therapy of human diseases: mechanisms, advances and prospects. Sig Transduct Target Ther 5, 1 (2020). https://doi.org/10.1038/s41392-019-0089-y Sauer NJ, Narváez-Vásquez J, Mozoruk J, Miller RB, Warburg ZJ, Woodward MJ, Mihiret YA, Lincoln TA, Segami RE, Sanders SL, Walker KA, Beetham PR, Schöpke CR, Gocal GF. Oligonucleotide-Mediated Genome Editing Provides Precision and Function to Engineered Nucleases and Antibiotics in Plants. Plant Physiol. 2016 Apr;170(4):1917-28. doi: 10.1104/pp.15.01696 |
| Genome editing off-target | Any site in the genome distinct from the target site, where an unintended mutation occurred during genome editing. | Necílové místo editace genomu | Jakékoli místo v genomu odlišné od cílového místa, kde došlo při editování genomu k neplánované mutaci. | Li, H., Yang, Y., Hong, W. et al. Applications of genome editing technology in the targeted therapy of human diseases: mechanisms, advances and prospects. Sig Transduct Target Ther 5, 1 (2020). https://doi.org/10.1038/s41392-019-0089-y |
| Genome editing target | The exact site in the genome where the planned mutation is to be made. | Cílové místo editace genomu | Přesné místo v genomu, kde má být provedena plánovaná mutace. | Li, H., Yang, Y., Hong, W. et al. Applications of genome editing technology in the targeted therapy of human diseases: mechanisms, advances and prospects. Sig Transduct Target Ther 5, 1 (2020). https://doi.org/10.1038/s41392-019-0089-y |
| Genome editing target specificity | The extent to which a tool for genome editing acts only on its intended target and not on other potential sites outside the target. | Specificita rozpoznání cílového místa při genomové editaci | Míra specificity, kterou nástroj pro úpravy genomu působí pouze na zamýšlený cíl, a nikoli na jiná potenciální místa mimo cíl. | Li, H., Yang, Y., Hong, W. et al. Applications of genome editing technology in the targeted therapy of human diseases: mechanisms, advances and prospects. Sig Transduct Target Ther 5, 1 (2020). https://doi.org/10.1038/s41392-019-0089-y |
| GM rootstock | A rootstock is a plant on which a part of another plant is grafted. Genetic modification of the rootstock can improve the properties of the crop (e.g. its resistance to stress) without the presence of any foreign genetic information in the harvested parts of the plant. | Geneticky modifikovaná podnož | Podnož je rostlina na níž je roubována část jiné rostliny. Genetickou modifikací podnože se mohou vylepšit vlastnosti plodiny (např. její odolnost vůči stresům), aniž by sklízené části rostlin obsahovaly jakoukoli cizorodou genetickou informaci. | Smolka A, Li XY, Heikelt C, Welander M, Zhu LH. Effects of transgenic rootstocks on growth and development of non-transgenic scion cultivars in apple. Transgenic Res. 2010 Dec;19(6):933-48. doi: 10.1007/s11248-010-9370-0 |
| Graft | A graft, in horticulture, is a part of a plant (usually a part of a stem without leaves or a bud), which is mechanically attached to the vascular tissues of the rootstock. Through regeneration, the graft joints to the rootstock. In human or veterinary medicine, a graft is a transplanted organ. | Roub (štěp) | Štěp (v zahradnické terminologii) je upravená část rostliny (zpravidla část stonku bez listů či pupen), která se mechanicky napojí na vodivá pletiva podnože. Pomocí regenerace štěp přiroste. V humánní či veterinární medicíně se za štěp označuje transplantovaný orgán. | https://www.britannica.com/topic/graft |
| Grafting (eg grafting non-GM grafts onto GM rootstocks) | Grafting (e.g. grafting of non-GM grafts onto GM rootstocks) is the act of placing a portion of one plant (bud or scion) into or on a stem, root, or branch of another (stock) in such a way that a union will be formed and the partners will continue to grow. | Roubování | Roubování (např. roubování non-GM roubů na GM podnože) je postup, kterým dojde k připojení části jedné rostliny (pupenu nebo části stonku) na podnož (stonek/větev či kořen) jiné rostliny takovým způsobem, že se vytvoří společný srůst, který bude nadále růst. | https://www.britannica.com/topic/grafting |
| Gynogenesis | Gynogenesis is a process in which the embryo genome originates exclusively from female origin, following embryogenesis stimulation by a male gamete. In plants, male gamete stimulation is not needed. Gynogenesis is in plant breeding used as an alternative for androgenesis for production of haploids. | Gynogeneze | Gynogeneze je proces, při kterém genom embrya je výhradně samičího původu po stimulaci embryogeneze samčí gametou. U rostlin není stimulace samčí gametou potřeba. Při šlechtění rostlin je gynogeneze alternativou k mnohem častěji užívané androgenezi pro přípravu haploidních jedinců. | Portemer, V., Renne, C., Guillebaux, A., Mercier, R. Large genetic screens for gynogenesis and androgenesis haploid inducers in Arabidopsis thaliana failed to identify mutants. Front. Plant Sci., 2015 6:147. https://doi.org/10.3389/fpls.2015.00147 |
| Haploid | A term denoting cells or organisms which contain a single set of chromosomes. For example gametes or plant gametophytes naturally contain haploid set of chromosomes, but also males of some insect species are naturally haploids. In some plant species, haploid plants can be produced by artificially induced androgenesis or gynogenesis. | Haploidní | Termín označující buňky nebo organismy, které obsahují jedinou sadu chromozomů. Přirozeně se vyskytující haploidní buňky jsou např. gamety nebo buňky rostlinných gametofytů, haploidní jsou ale také samci některých druhů hmyzu. U některých druhů rostlin mohou být haploidní rostliny připraveny uměle indukovanou androgenezí nebo gynogenezí. | Niu, Z., Jiang, A., Abu Hammad, W., Oladzadabbasabadi, A., Xu, S.S., Mergoum, M. and Elias, E.M. (2014), Review of doubled haploid production in durum and common wheat through wheat × maize hybridization. Plant Breed, 133: 313-320. https://doi.org/10.1111/pbr.12162 |
| Homology directed repair (HDR) | Repair of demaged DNA (typically a double-stranded break, DSB), which is based on the homology between broken DNA ends and some other homologous DNA or other nucleic acid (the process called Homologous Recombination, HR). If a short homology between the two ends of broken DNA is used for repair, the process is called Microhomology-Mediated End Joining, MMEJ). Although MMEJ repair is also based on homology, it is usually not regarded as true HDR. | Homologií řízená oprava dvojitého zlomu DNA | Oprava poškozené DNA (typicky dvouřetězcového zlomu, DSB), která je založena na homologii (angl. homology directed repair, HDR) mezi zlomenými konci DNA a jinou homologní DNA nebo jinou nukleovou kyselinou procesem nazývaným homologní rekombinace (HR). Pokud je pro opravu použita krátká homologie mezi konci zlomené DNA, pak se jedná o proces nazvaný mikrohomologií zprostředkované spojování konců (MMEJ). Přestože je MMEJ také založená na homologii, obvykle se nepovažuje za pravý HDR. | Scully, R., Panday, A., Elango, R. et al. DNA double-strand break repair-pathway choice in somatic mammalian cells. Nat Rev Mol Cell Biol 20, 698–714 (2019). https://doi.org/10.1038/s41580-019-0152-0 |
| Hybridoma | Immortalized cell line prepared by cell fusion of antibody producing B-cells and an immortal myeloma cell. Hybridomas produce so called monoclonal antibodies. | Hybridom | Buněčná linie připravená fúzí B-leukocytu produkujícího protilátky s nesmrtelnou myelovovou buňkou. Hybridomy mají schopnost trvalého dělení a slouží k produkci monoklonálních protilátek. | Parray HA, Shukla S, Samal S, et al. Hybridoma technology a versatile method for isolation of monoclonal antibodies, its applicability across species, limitations, advancement and future perspectives. Int Immunopharmacol. 2020;85:106639. doi:10.1016/j.intimp.2020.106639 |
| Hypoallergenic properties | Hypoallergenic means a product (food, cosmetics, etc.) that contains few allergy-producing substances known as allergens. | Hypoalergenní vlastnosti | Hypoalergenní znamená, že produkt (potraviny, kosmetika, atd.) obsahuje málo látek známých jako alergeny, které způsobují alergie. | https://www.healthline.com/health/allergies/hypoallergenic#overview |
| Illumina sequencing | One of the types of NGS, based on DNA polymerase reaction (primer extension) and monitoring of the inclusion of individual fluorescently labeled nucleotides. PCR clones (attached to a solid support) are sequenced. The sequenced DNA fragments are a maximum of several hundred nucleotides in length. | Illumina sekvenování | Jeden z typů NGS, založený na DNA polymerázové reakci (prodlužování primeru) a monitorování zařazování jednotlivých fluorescenčně značených nukleotidů. Sekvenovány jsou PCR klony (přichycené na pevném podkladu). Sekvenované úseky jsou dlouhé maximálně několik set nukleotidů. | Goodwin, S., McPherson, J. & McCombie, W. Coming of age: ten years of next-generation sequencing technologies. Nat Rev Genet 17, 333–351 (2016). https://doi.org/10.1038/nrg.2016.49 |
| Induced mutation | A genetic alteration - mutation produced by exposure to a mutagen. | Indukovaná mutace | Genetická změna – mutace, způsobená expozicí mutagenu. | https://www.oxfordreference.com/view/10.1093/oi/authority.20110803100002477?rskey=FF6YDS&result=5 |
| Intragenesis | An insertion of foreign genetic material from a crossable organism into a host DNA; however, in contrast to cisgenesis, the genetic material is not introduced as such without rearrangements, but various sections of DNA originating exclusively from DNA of the same or crossable species can be combined together(including e.g. RNAi-inducing constructs). | Intrageneze | Vložení cizího genetického materiálu z křížitelného organismu do hostitelské DNA; na rozdíl od cisgenoze však genetický materiál není zaveden bez jakýchkoli úprav, ale různé úseky DNA pocházející výhradně z fragmentů DNA z téhož či křížitelného druhu mohou být vzájemně kombinovány (včetně např. konstruktů navozujících RNAi). | COMMISSION STAFF WORKING DOCUMENT Study on the status of new genomic techniques under Union law and in light of the Court of Justice ruling in Case C-528/16, SWD(2021) 92 final, Brussels, 29. 4. 2021, 117 pp. https://ec.europa.eu/food/system/files/2021-04/gmo_mod-bio_ngt_eu-study.pdf |
| Male (pollen) sterility | Male (pollen) sterility is usually a cytoplasmatically (maternally) inherited trait connected with inability to produce functional pollen. It occurs in many plant species and is often associated with mutations in the mitochondrial genome that interfere with mitochondrial function and pollen development. Nuclear restorer genes may exist that function to suppress the deleterious effects of such mutation. | Samčí (pylová) sterilita | Samčí (pylová) sterilita je zpravidla cytoplazmaticky (maternálně) děděný znak spojený s neschopností produkovat funkční pyl. Vyskytuje se u mnoha druhů rostlin a je často spojena s mutacemi v mitochondriálním genomu, které interferují s mitochondriální funkcí a vývojem pylu. Pro danou mutaci mohou existovat jaderné geny (nuclear restorers), které potlačí škodlivé účinky takové mutace. | Schnable PS, Wise RP. 1998. The molecular basis of cytoplasmic male sterility and fertility restoration. Trends in Plant Science 3: 175-180, https://doi.org/10.1016/S1360-1385(98)01235-7 |
| Meganucleases | Meganucleases are endodeoxyribonucleases that have a large recognition site, which occurs rarely, even in entire genomes. Consequently, they can be used as highly specific tools in genome engineering; for example, to modify or eliminate a particular gene. | Meganukleázy | Meganukleázy jsou endodeoxyribonukleázy, které mají velké rozpoznávací místo, které se vyskytuje zřídka, dokonce i v celých genomech. V důsledku toho mohou být použity jako vysoce specifické nástroje v genomovém inženýrství, například k úpravě nebo odstranění konkrétního genu. | https://www.nature.com/subjects/meganucleases |
| Micro homology mediated end joining repair MMEJ | A mechanism of DNA end-joining repair (double-stranded break repair) where the DNA ends are joined/aligned to each other using short regions (typically 2-25 base pairs) of homology flanking the double-stranded break. MMEJ is usually connected with deletions in the repaired region. | Mikrohomologií zprostředkované spojování konců DNA | Mechanismus opravy dvouvláknových zlomů DNA, kde jsou konce DNA navzájem spojeny/přiřazeny pomocí krátkých homologních oblastí (typicky 2–25 párů bází) přítomných na obou koncích DNA vzniklých dvouvláknovým zlomem. Proces je obvykle spojen s delecemi v opravené oblasti. | Scully, R., Panday, A., Elango, R. et al. DNA double-strand break repair-pathway choice in somatic mammalian cells. Nat Rev Mol Cell Biol 20, 698–714 (2019). https://doi.org/10.1038/s41580-019-0152-0 |
| Mismatch | A site of incomplete complementarity in a double-stranded nucleic acid structure (one or more pairs of opposing nucleotides is not formed by complementary nucleotides). | Chybné párování | Místo neúplné komplementarity v dvouvláknové struktuře nukleových kyselin (jeden nebo více párů protistojných nukleotidů není tvořeno komplementárními nukleotidy). | J. Sambrook, E.F. Fritsch and T. Maniatis, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY |
| Mutation breeding | Mutation breeding, sometimes referred to as "variation breeding", is the process of exposing seeds to chemicals, radiation, or enzymes in order to generate mutants with desirable traits to be bred with other cultivars. Plants created using mutagenesis are called mutant or mutated plants. | Mutagenní šlechtění | Mutagenní šlechtění, někdy také označované jako „variační šlechtění“, je proces vystavení semen chemickým látkám, záření nebo enzymům za účelem vytvoření mutantů s žádoucími znaky, které mají být kříženy s jinými kultivary. Rostliny vytvořené pomocí mutageneze se označují jako mutované/mutantní. | Mackelprang, R., Lemaux, P.G. Genetic Engineering and Editing of Plants: An Analysis of New and Persisting Questions, Annual Review of Plant Biology, 2020, 71:1, 659-687. https://doi.org/10.1146/annurev-arplant-081519-035916; Chen, K., Wang,Y., Zhang, R., Zhang, H., Gao, C. CRISPR/Cas Genome Editing and Precision Plant Breeding in Agriculture. Annual Review of Plant Biology, 2019, 70:1, 667-697. https://doi.org/10.1146/annurev-arplant-050718-100049 |
| Next generation sequencing | Next generation sequencing (NGS) technologies have been evolving over the past 15 years, leading to substantial improvements in the quality and mostly quantity of obtained sequencing data. A common feature of all methods is the parallel fully automated sequencing of multiple DNA fragments (up to billions at a time) without the need to manipulate with individual DNA segments. Next generation sequencing technology (NGS) has two main directions: short-read sequencing and long-read sequencing. Short-read sequencing approaches provide lower-cost, higher-accuracy data that are useful for population-level research and clinical variant discovery. By contrast, long-read approaches provide read lengths that are well suited for de novo genome assembly applications and full-length isoform sequencing. | Sekvenování příští generace | Technologie sekvenování nové (příští) generace (NGS) se podařilo vyvinout během posledních 15 let, což vedlo k podstatnému zlepšení kvality a množství získaných sekvenčních dat. Společným rysem všech metod je paralelní plně automatizované sekvenování více fragmentů DNA (až miliard najednou) bez nutnosti manipulace s jednotlivými segmenty DNA. Technologie sekvenování nové generace (NGS) má dva hlavní směry: sekvenování s krátkým čtením a sekvenování s dlouhým čtením. Přístupy sekvenování s krátkým čtením poskytují levnější data s vyšší přesností, která jsou užitečná pro výzkum na úrovni populace a objevování klinických variant. Naproti tomu přístupy s dlouhým čtením poskytují délky čtení, které jsou vhodné pro de novo sestavování genomu a sekvenování izoforem v plné délce. | Goodwin, S., McPherson, J. & McCombie, W. Coming of age: ten years of next-generation sequencing technologies. Nat Rev Genet 17, 333–351 (2016). https://doi.org/10.1038/nrg.2016.49 |
| Nick | DNA demage when only one strand of DNA double-helix is broken. The interrupted linkage in the backbone is called a nick. Thanks to the other strand, the free DNA ends do not separate, so the nick is easily repaired without errors. A tool like CRISPR-Cas9 may be used to generate a nick when one of the two nuclease domains is inactivated. | Jednořetězcový zlom | Poškození DNA, při kterém je porušen pouze jeden řetězec dvojšroubovice DNA. Přerušená vazba v řetězci DNA se nazývá "nick". Díky druhému vláknu se volné konce DNA neoddělují, takže se nick snadno bezchybně opraví. Nástroj jako CRISPR-Cas9 lze použít k cílenému generování jednořetězcového zlomu, pokud je deaktivována jedna ze dvou nukleázových domén. | Anzalone AV, Randolph PB, Davis JR, et al. Search-and-replace genome editing without double-strand breaks or donor DNA. Nature. 2019;576(7785):149-157. doi:10.1038/s41586-019-1711-4 |
| Non-homologous end joining NHEJ | Mechanism for repairing double-stranded DNA break based on direct ligation of free blunt DNA ends. Previously, end joining based on short homologies was also classified as a special type of NHEJ, but now these are referred to as Microhomology Mediated End Joining (MMEJ). For a clear distinction, the mechanism using blunt end joining without any role of homology is now called "classical NHEJ (c-NHEJ)". | Nehomologní spojování konců | Mechanismus opravy dvouvláknového zlomu DNA založený na přímé ligaci volných zatupených konců DNA. Dříve byly jako typ NHEJ označovány také opravy zlomů založené na spojování konců pomocí krátkých homologií, které se dnes označují jako Microhomology Mediated End Joining (MMEJ). Pro jasné odlišení se mechanismus využívající spojování tupých konců bez jakékoli role homologie nově nazývá "classical NHEJ (c- NEHJ)". | Scully, R., Panday, A., Elango, R. et al. DNA double-strand break repair-pathway choice in somatic mammalian cells. Nat Rev Mol Cell Biol 20, 698–714 (2019). https://doi.org/10.1038/s41580-019-0152-0 |
| Off-target effect | Off-target mutation(s) and its (their) unintended effect(s) on the phenotype of genome-edited individual. | Necílený účinek genomové editace | Necílová(é) mutace a její (jejich) nezamýšlený účinek (účinky) na fenotyp jedince s editovaným genomem. | Li, H., Yang, Y., Hong, W. et al. Applications of genome editing technology in the targeted therapy of human diseases: mechanisms, advances and prospects. Sig Transduct Target Ther 5, 1 (2020). https://doi.org/10.1038/s41392-019-0089-y |
| Off-target mutations | A change in the nucleotide sequence in any site in the genome distinct from the target site of genome editing. | Necílová mutace | Změna nukleotidové sekvence jakéhokoli místa v genomu mimo cílové místo editování. | Li, H., Yang, Y., Hong, W. et al. Applications of genome editing technology in the targeted therapy of human diseases: mechanisms, advances and prospects. Sig Transduct Target Ther 5, 1 (2020). https://doi.org/10.1038/s41392-019-0089-y |
| Omix | Analysis of large amounts of data representing an entire set of some kind, especially the entire set of molecules, such as proteins (proteomics), lipids (lipidomics), or metabolites (metabolomics), in a cell, organ, or organism. | Omix | Analýza velkého množství údajů představujících celou sadu určitého druhu, zejména celou sadu molekul, jako jsou proteiny (proteomika), lipidy (lipidomika) nebo metabolity (metabolomika), v buňce, orgánu nebo organismu. | COMMISSION STAFF WORKING DOCUMENT Study on the status of new genomic techniques under Union law and in light of the Court of Justice ruling in Case C-528/16, SWD(2021) 92 final, Brussels, 29. 4. 2021, 117 pp. https://ec.europa.eu/food/system/files/2021-04/gmo_mod-bio_ngt_eu-study.pdf |
| Oxford nanopore sequencing | One type of NGS, based on monitoring nucleotide-specific changes in electric current during the movement of single-stranded DNA through a protein channel. This method allows direct sequencing of isolated long DNA fragments of tens of thousands of nucleotides in length. | OXford nanopore sekvenování | Jeden z typů NGS, založený na monitorování nukleotidově specifických změn elektrického proudu během pohybu jednovláknové DNA proteinovým kanálem. Tato metoda umožňuje přímé sekvenování izolovaných dlouhých fragmentů DNA o délce dosahující desítek tisíc nukleotidů | Goodwin, S., McPherson, J. & McCombie, W. Coming of age: ten years of next-generation sequencing technologies. Nat Rev Genet 17, 333–351 (2016). https://doi.org/10.1038/nrg.2016.49 |
| PacBio SMRT sequencing | One type of NGS, based on real-time monitoring of DNA synthesis catalyzed by immobilized DNA polymerase placed in a narrow nanowell that prevents the transmission of excitation light. The DNA sequence is determined (after several repeated cycles of DNA synthesis on a circular DNA template) based on the prolonged presence of incorporated fluorescently labeled nucleotides in close proximity to the polymerase. This method allows direct sequencing of isolated long DNA fragments of tens of thousands of nucleotides in length. | PacBio SMRT sekvenování | Jeden z typů NGS, založený na monitorování syntézy DNA v reálném čase, katalyzované imobilizovanou DNA polymerázou umístěnou v úzké nanojamce zabraňující průchodu excitačního záření. Sekvence DNA se stanoví (po několika opakovaných cyklech syntézy komplementárních řetězců, s využitím kruhového templátu) na základě prodloužené přítomnosti inkorporovaných fluorescenčně značených nukleotidů v těsné blízkosti polymerázy. Tato metoda umožňuje přímé sekvenování izolovaných dlouhých fragmentů DNA o délce desítek tisíc nukleotidů. | Goodwin, S., McPherson, J. & McCombie, W. Coming of age: ten years of next-generation sequencing technologies. Nat Rev Genet 17, 333–351 (2016). https://doi.org/10.1038/nrg.2016.49 |
| Physical mutagenesis | Important method to artificially induce mutations is the use of physical agents. Physical mutagens include electromagnetic radiation, such as γ rays, X rays, and UV light, and particle radiation, such as fast and thermal neutrons, β and α particles. Mutagenic treatment of seeds is the most convenient and, therefore, the standard method in seed propagated crops. | Fyzikální mutageneze | Důležitou metodou k umělému vyvolání mutací je použití fyzikálních činitelů. K fyzikálním mutagenům patří elektromagnetické záření, jako jsou paprsky γ, paprsky X a ultrafialové světlo, a záření částic, jako jsou rychlé a tepelné neutrony, částice β a α. Mutagenní úprava semen je nejpohodlnější, a proto standardní metodou u plodin rozmnožovaných osivem. | Kodym, A., Afza, R. Physical and Chemical Mutagenesis. In: Grotewold E. (eds) Plant Functional Genomics. Methods in Molecular Biology™, 2003, vol 236. Humana Press. https://doi.org/10.1385/1-59259-413-1:189 |
| Pluripotent cells | Cells that have the ability to differentiate into a variety of cell types, but not to all cell types (only totipotent cells can do this). | Pluripotentní buňky | Buňky, které mají schopnost diferencovat se na různé typy buněk, ale ne na všechny typy buněk (to umí jen totipotentní buňky). | Liu, G., David, B.T., Trawczynski, M. et al. Advances in Pluripotent Stem Cells: History, Mechanisms, Technologies, and Applications. Stem Cell Rev and Rep 16, 3–32 (2020). https://doi.org/10.1007/s12015-019-09935-x |
| Ploidy | Ploidy is the number of complete sets of chromosomes in a cell, and hence the number of possible alleles for autosomal and pseudoautosomal genes. Sets of chromosomes refer to the number of maternal and paternal chromosome copies, respectively, in each homologous chromosome pair, which chromosomes naturally exist as. Somatic cells, tissues, and individual organisms can be described according to the number of sets of chromosomes present (the "ploidy level"). | Ploidie | Ploidie je počet kompletních sad chromozomů v buňce a tedy počet možných alel u autozomálních a pseudoautozomálních genů. Sady chromozomů označují počet kopií mateřských a otcovských chromozomů v každém homologním páru chromozomů tak, jak chromozomy přirozeně existují. Somatické buňky, tkáně a jednotlivé organismy lze popsat podle počtu přítomných sad chromozomů ("úroveň ploidie"). | https://www.biologyonline.com/dictionary/ploidy |
| Pollen | The dormant stage of the male gametophyte of seed plants used to transfer male gametes (sperm cells)….The fertilizing element of flowering plants, consisting of fine, powdery, yellowish grains or spores, sometimes in masses. | Pyl | Klidové stádium samčího gametofytu semenných rostlin sloužící k přenosu samčích gamet (spermatických buněk)... Oplodňující prvek kvetoucích rostlin, sestávající z jemných, práškovitých, nažloutlých zrn nebo výtrusů, někdy ve hmotě. | https://www.dictionary.com/browse/pollen |
| Polyploidy | Polyploidy is a condition in which the cells of an organism have more than two paired (homologous) sets of chromosomes. Most species whose cells have nuclei (eukaryotes) are diploid, meaning they have two sets of chromosomes—one set inherited from each parent. However, some organisms are polyploid. Polyploidy is especially common in plants. | Polyploidie | Polyploidie je stav, kdy buňky organismu mají více než dvě párové (homologní) sady chromozomů. Většina druhů, jejichž buňky mají jádra (eukaryota), jsou diploidní, což znamená, že mají dvě sady chromozomů – jednu sadu zděděnou od každého rodiče. Některé organismy jsou však polyploidní. Polyploidie je zvláště běžná u rostlin. | https://www.biologyonline.com/dictionary/polyploid |
| Posttranscriptional gene silencing (PTGS) | Silencing of gene expression without directly affecting gene transcription. The mRNAs produced are specifically recognized by the Argonaut protein, which carries a complementary small RNA. The targeted mRNA is either cleaved or its translation is blocked. | Posttranskripční umlčování genové exprese | Umlčení genové exprese bez přímého ovlivnění transkripce genu. Produkované mRNA jsou specificky rozpoznávány proteinem Argonaut, který nese komplementární malou RNA. Takto zacílená mRNA je buďto rozštěpena či je blokována její translace. | Frizzi A, Huang S. Tapping RNA silencing pathways for plant biotechnology. Plant Biotechnol J. 2010 Aug;8(6):655-77. doi: 10.1111/j.1467-7652.2010.00505.x |
| Prime editing | Advanced technique for genome editing. The method is based on CRISPR/Cas9. One of the endonuclease domains of Cas9 is inactivated, so the enzyme produces a nick instead of the double-strand break. The free 3' end of the cleaved DNA is extended by reverse transcriptase (fused to the Cas9 enzyme), which uses part of the modified sgRNA (prime editing guide, pegRNA) as a template to introduced desired mutation. | Prime editing | Pokročilá technika editace genomu. Metoda je založena na CRISPR/Cas9. Jedna z endonukleázových domén Cas9 je inaktivovaná, takže enzym produkuje místo dvojvláknového zlomu jen jednovláknový nick. Volný 3' konec rozštěpené DNA je prodloužen reverzní transkriptázou (fúzovanou s enzymem Cas9), která jako templát používá část modifikované sgRNA (primární editační průvodce RNA, pegRNA) pro vyvolání požadované mutace. | Anzalone AV, Randolph PB, Davis JR, et al. Search-and-replace genome editing without double-strand breaks or donor DNA. Nature. 2019;576(7785):149-157. doi:10.1038/s41586-019-1711-4 |
| Procaryotes | A category of living organisms that encompasses all bacteria and archaea. Prokaryotes are microscopic, single-celled organisms that do not have a nucleus or other membrane-bound organelles. | Prokaryota | Kategorie živých organismů, která zahrnuje všechny bakterie a archea. Prokaryota jsou mikroskopické jednobuněčné organismy, které nemají jádro ani jiné membránově vázané organely. | https://www.dictionary.com/browse/prokaryote |
| Protoplast | Plant, fungal or bacterial cells contain cell walls on their surface. In these cells, protoplast refers to the inner part of a cell including the plasmatic membrane, but without the cell wall. Protoplasts can be arteficially prepared by removing the cell wall (e.g. enzymatically). | Protoplast | Rostlinné, houbové či bakteriální buňky mají na svém povrchu buněčnou stěnu. U těchto buněk označujeme jako protoplast vnitřní část buňky včetně plazmatické membrány, ale bez povrchové buněčné stěny. Protoplasty lze uměle připravit odstraněním buněčné stěny (např. enzymaticky). | Eeckhaut T, Lakshmanan PS, Deryckere D, Van Bockstaele E, Van Huylenbroeck J. Progress in plant protoplast research. Planta. 2013 Dec;238(6):991-1003. doi: 10.1007/s00425-013-1936-7 |
| Protoplast fusion | The process in which plasmatic membranes of two (or more) protoplasts fuse and their cytoplasms mix together. After that, the nuclei may or may not fuse as well. In plant breeding protoplast fusion can be used to produce distant interspecies or even intergenera hybrids. | Fúze protoplastů | Proces, při kterém dochází k fúzi plazmatických membrán dvou (nebo více) protoplastů a promísení jejich cytoplasmy. Poté může dojít i k fúzi jader. Při šlechtění rostlin lze fúzi protoplastů použít k produkci vzdálených mezidruhových nebo dokonce mezirodových hybridů. | Eeckhaut T, Lakshmanan PS, Deryckere D, Van Bockstaele E, Van Huylenbroeck J. Progress in plant protoplast research. Planta. 2013 Dec;238(6):991-1003. doi: 10.1007/s00425-013-1936-7 |
| Repair template | Repair of double stranded DNA break by homologous recombination requires a homologous repair template, which is typically a sister chromatid (in G2 phase of cell cycle), but also RNA transcript can serve as a repair template or various oligonucleotides introduced to the cell to induce oligonucleotide directed mutagenesis (ODM). | Templát pro opravu zlomu DNA | Oprava dvouřetězcového zlomu DNA založená na homologní rekombinaci vyžaduje homologní templát, kterým je typicky sesterská chromatida (v G2 fázi buněčného cyklu), ale jako templát pro opravu může sloužit i RNA transkript nebo různé oligonukleotidy vnesené do buňky za účelem indukce oligonukleotidy řízených mutací ODM). | Scully, R., Panday, A., Elango, R. et al. DNA double-strand break repair-pathway choice in somatic mammalian cells. Nat Rev Mol Cell Biol 20, 698–714 (2019). https://doi.org/10.1038/s41580-019-0152-0 |
| RNA-directed DNA methylation | A process that serves to de novo methylate cytosines and to promote maintenance of this methylation after replication. Methylation enzymes are directed to the correct genomic regions by small RNAs. | RNA-dependentní DNA metylace | Proces, který slouží k de novo methylaci cytosinu a k podpoře udržování této methylace po replikaci. Metylační enzymy jsou naváděny do správných genomových oblastí prostřednictvím malých RNA. | Erdmann RM, Picard CL. RNA-directed DNA Methylation. PLoS Genet. 2020;16(10):e1009034. Published 2020 Oct 8. doi:10.1371/journal.pgen.1009034 |
| sgRNA | Abbreviation for the “Single Guide RNA”. In naturally occurring CRISPR-Cas machinery, Cas nuclease is guided by crRNA, which recognizes the target sequence but does not interact directly with Cas. This interaction between crRNA and Cas is mediated by tracrRNA. For ease of use of CRISPR-Cas in genomic editing, crRNA and tracrRNA were artificially fused together into a single guide RNA molecule (sgRNA). | sgRNA | Zkratka pro „Single Guide RNA“. V přirozeně se vyskytující CRISPR-Cas mašinérii je nukleáza Cas naváděna crRNA, která rozpoznává cílovou sekvenci, ale s Cas přímo neinteraguje. Tato interakce mezi crRNA a Cas je zprostředkována tracrRNA. Pro jednoduché použití CRISRP-Cas v genomových editacích byly crRNA a tracrRNA uměle fúzovány dohromady do jediné naváděcí molekuly RNA (sgRNA). | Charpentier E, Richter H, van der Oost J, White MF (2015). "Biogenesis pathways of RNA guides in archaeal and bacterial CRISPR-Cas adaptive immunity". FEMS Microbiology Reviews. 39 (3): 428–441. doi:10.1093/femsre/fuv023 |
| SOLID sequencing | One of the types of NGS, based on sequence-specific ligation of short fluorescently labeled oligonucleotides that anneal on PCR-amplified clones of short DNA fragments. The read length is very short, about 25 to 50 nts, but the sequencing achieves exceptionally high accuracy. | SOLID sekvenování | Jeden z typů NGS, založený na sekvenčně specifické ligaci krátkých fluorescenčně značených oligonukleotidů, které nasedají na PCR amplifikované krátké fragmenty DNA. Délka čtení je velmi krátká asi 25 až 50 nts, ale sekvenování dosahuje výjimečně vysoké přesnosti. | Goodwin, S., McPherson, J. & McCombie, W. Coming of age: ten years of next-generation sequencing technologies. Nat Rev Genet 17, 333–351 (2016). https://doi.org/10.1038/nrg.2016.49 |
| Somaclonal variation | Genetic variation arising from the break-up and reassembly of DNA in dividing vegetative plant cells grown in culture. | Somaklonnální variabilita | Genetická variace vyplývající z rozpadu a opětovného sestavení DNA při dělení vegetativních rostlinných buněk pěstovaných v in vitro kultuře. | https://www.sciencedirect.com/topics/agricultural-and-biological-sciences/somaclonal-variation |
| Somatic cells | All cells in the multicellular organism except germ / generative cells (eggs or sperms in animals and all cells of reduced gametophytes in plants). Mutations occurring in a somatic cell can be inherited into subsequent generations if the mutated cell or its progeny becomes generative cells or if the mutated cells form a new individual by de novo regeneration (occurring mainly in plants). | Somatické buňky | Všechny buňky v mnohobuněčném organismu kromě zárodečných buněk (tj. vajíček a spermií u zvířat a všechny buňky redukovaných gametofytů v rostlinách). Mutace vyskytující se v somatické buňce mohou být zděděny do dalších generací, pokud z mutované buňky nebo jejích potomků vzniknou zárodečné buňky nebo pokud mutované buňky vytvoří nového jedince regenerací de novo (vyskytující se zejména u rostlin). | "Campbell, N.A., Reece, J.B., Urry, L.A., Cain, M.L., Wasserman, S.A., Minorsky, P.V. and Jackson, R.B. (2008) Biology. 8th Edition, Benjamin Cummings, San Francisco. p. 1393. ISBN-10: 0-8053-6844-2 Medrano, J., Martínez-Arroyo, A., Míguez, J. et al. Human somatic cells subjected to genetic induction with six germ line-related factors display meiotic germ cell-like features. Sci Rep 6, 24956 (2016). https://doi.org/10.1038/srep24956" |
| Spontaneous mutation | Spontaneous mutations arise from a variety of sources, including errors in DNA replication (transition mutations, transversion mutations, frameshift mutations, deletions and duplications), spontaneous lesions (depurination - the interruption of the glycosidic bond between the base and deoxyribose, deamination of cytosine yielding uracil, oxidatively damaged bases), and transposable genetic elements (retroviruses, retrotransposons, nonviral retrotransposons). | Spontánní mutace | Spontánní mutace vznikají různými způsoby, mechanismy, včetně chybování při replikaci DNA (mluvíme o transicích, transversích, posunech čtecího rámce, delecích a duplikacích), spontánními lézemi (depurinací - přerušením glykosidické vazby mezi bází a deoxyribózou, deaminací cytosinu na uracil, oxidačním poškozením bází) a účinkem transponovatelných genetických elementů (retrovirů, retrotranspozonů nevirových retrotranspozonů). | Griffiths, A.J.F., Miller, J.H., Suzuki, D.T., et al. An Introduction to Genetic Analysis. 7th edition. New York: W. H. Freeman; 2000. Spontaneous mutations. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21897/ |
| stable transformation/transfection | Integration of the introduced DNA segment into the genome is refered as a stable transformation (of plant cells) or transfection (of animal cells). | stabilní transformace/transfekce | Začlenění vneseného úseku DNA do genomu je označováno jako stabilní transformace (rostlinných buněk) či transfekce (živočišných buněk). | Komarova TV, Baschieri S, Donini M, Marusic C, Benvenuto E, Dorokhov YL. Transient expression systems for plant-derived biopharmaceuticals. Expert Rev Vaccines. 2010 Aug;9(8):859-76. doi: 10.1586/erv.10.85. |
| Stressors for plants | A stressor is a chemical (heavy metals and/or metalloids, mineral nutrient excess and/or deficiency), or biological agent (viral, phytoplasma, bacterial and fungal plant-pathogen interactions), environmental condition (lack of water (drought) and excess (flooding), salinity stress, elevated temperature and/or low temperature (chilling and freezing), hypoxia and/or anoxia), external stimulus or an event seen as causing stress to an organism. Abiotic and biotic stress factors that can result in limited plant growth and productivity. | Stresory rostlin | Stresorem jsou chemické látky (těžké kovy a/nebo metaloidy, nadbytek a/nebo nedostatek minerálních živin), biologické agens (interakce virů, fytoplazmat, bakterií a plísní rostlin a patogenů), podmínky životního prostředí (nedostatek vody (sucho) a přebytek (záplavy)), stres ze slaného prostředí, zvýšená teplota a/nebo nízká teplota (ochlazení a mrazy), hypoxie a/nebo anoxie), vnější podněty nebo události považované za příčinu stresu v organismu. Abiotické a biotické stresové faktory mohou mít za následek omezený růst a produktivitu u rostlin. | Lichtenthaler, H.K. The stress concept in plants: an introduction. Ann N Y Acad Sci., 1998, 30, 851:187-198. https://doi.org/10.1111/j.1749-6632.1998.tb08993.x.; Osakabe, Y., Osakabe, K., Shinozaki, K., Tran, L.-SP. Response of plants to water stress. Front. Plant Sci., 2014, 5:86. https://doi.org/10.3389/fpls.2014.00086 |
| Syntetic biology | Synthetic biology is a field of research that combines genetics, chemistry and engineering. The goal of synthetic biology is to construct completely new organisms in order to create new life forms that are not found in nature. | Syntetická biologie | Syntetická biologie je oborem výzkumu, který spojuje genetiku, chemii a inženýrství. Cílem syntetické biologie je zkonstruovat zcela nové organismy s cílem vytvořit nové formy života, které se nenacházejí v přírodě. | Gutmann, A. The Ethics of Synthetic Biology: Guiding Principles for Emerging Technologies. Hastings Center Report, 2011, 41: 17-22. https://doi.org/10.1002/j.1552-146X.2011.tb00118.x; Hunter, D. How to object to radically new technologies on the basis of justice. Bioethics, 2013, 27: 426-434. https://doi.org/10.1111/bioe.12049 |
| TALEN | A synthetic tool for genome editing based on a fusion protein consisting of the programmable Transcription Activator-like (TALE) DNA-binding domain and the FokI nuclease. To induce double strand break, two TALENs must act each at one DNA strand in the same genome site. | TALEN | Syntetický nástroj pro úpravu genomu založený na fúzním proteinu složeném z programovatelné DNA-vazebné domény Transcription Activator-like (TALE) proteinu a nukleázy FokI. K vytvoření dvouvláknového zlomu musí zároveň působit dvě TALEN, každá na jednom vlákně DNA, ve stejném místě genomu. | Li, H., Yang, Y., Hong, W. et al. Applications of genome editing technology in the targeted therapy of human diseases: mechanisms, advances and prospects. Sig Transduct Target Ther 5, 1 (2020). https://doi.org/10.1038/s41392-019-0089-y |
| Targeted intergration | Targeted integration is generally achieved through a double crossover event between the genome and a linear donor containing two homology arms flanking the gene of interest. However, this strategy is generally less efficient at introducing larger DNA fragments. | Cílená integrace | Cílené integrace je obecně dosahováno prostřednictvím dvojitého překřížení (crossing-over) mezi genomem a lineárním donorem obsahujícím dvě homologní ramena lemující požadovaný gen. Tato strategie je však obecně méně účinná při zavádění větších fragmentů DNA. | https://innovativegenomics.org/glossary/ |
| Targeted mutagenesis -oligonucleotide-directed mutagenesis (ODM) | A targeted mutagenesis technique by which oligonucleotides (short pieces of DNA) are used to introduce small, precise mutations in the genome by the mechanism of homologous recombination. | Cílená mutageneze řízená oligonukleotidy (ODM) | Technika cílené mutageneze, pomocí níž jsou oligonukleotidy (krátké kousky DNA) použity k zavedení malých přesných mutací do genomu pomocí homologní rekombinace. | COMMISSION STAFF WORKING DOCUMENT Study on the status of new genomic techniques under Union law and in light of the Court of Justice ruling in Case C-528/16, SWD(2021) 92 final, Brussels, 29. 4. 2021, 117 pp. https://ec.europa.eu/food/system/files/2021-04/gmo_mod-bio_ngt_eu-study.pdf |
| Tissue culture | Tissue culture is the growth of tissues or cells in an artificial medium separately from the parent organism. This technique is also called micropropagation. This is typically facilitated via use of a liquid, semi-solid, or solid growth medium, such as broth or agar. Tissue culture commonly refers to the culture of animal cells and tissues, with the more specific term plant tissue culture being used for plants | Tkáňová kultura | Tkáňovou kulturou rozumíme růst tkání nebo buněk v umělém médiu odděleném od mateřského organismu. Tato technika se také nazývá mikropropagace. To je obvykle usnadněno použitím kapalného, polotuhého nebo pevného růstového média, jako je bujón nebo agar. Tkáňová kultura se běžně týká živočišných buněk a tkání, přičemž pro rostliny se používá konkrétnější termín rostlinná tkáňová kultura . | https://www.britannica.com/science/tissue-culture; Loyola-Vargas, V.M., Ochoa-Alejo, N. An Introduction to Plant Tissue Culture: Advances and Perspectives. In: Loyola-Vargas V., Ochoa-Alejo N. (eds) Plant Cell Culture Protocols. Methods in Molecular Biology, 2018, vol 1815Humana Press, New York, NY. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-8594-4_1 |
| Totipotent cell | A single cell that can give rise to a new organism. | Totipotentní buňka | Buňka, ze které může vyrůst celý nový organismus. | https://www.technologynetworks.com/cell-science/articles/what-are-totipotent-stem-cells-319771 |
| Traceability of GMOs | The traceability of genetically modified organisms (GMOs) describes a system that ensures the forwarding of the identity of a GMO from its production to its final buyer. Traceability is an essential prerequisite for the co-existence of GM and non-GM foods, and for the freedom of choice for consumers. | Sledovatelnost GMO | Sledovatelnost geneticky modifikovaných organismů (GMO) popisuje systém, který zajišťuje doručení informace o identitě GMO od jeho produkce až ke konečnému spotřebiteli. Sledovatelnost GMO je základním předpokladem souběžné existence GM potravin a konvenčních potravin a možnosti volby pro spotřebitele. | https://ec.europa.eu/food/plants/genetically-modified-organisms/traceability-and-labelling_cs; https://www.fsai.ie/legislation/food_legislation/gmos/traceability.html; Miraglia, M., Berdal, K.G., Brera, C., Corbisier, P., Holst-Jensen, A., Kok, E.J., Marvin, H.J., Schimmel, H., Rentsch, J., van Rie, J.P., Zagon, J. Detection and traceability of genetically modified organisms in the food production chain. Food Chem Toxicol, 2004, 42(7):1157-1180. https://doi.org/10.1016/j.fct.2004.02.018. PMID: 15123385. |
| tracrRNA | Abbreviation for “trans-activating CRISPR RNA.” It is a small RNA molecule containing a region specifically binding to Cas nuclease and a region complementary to crRNA. It constitutes a part of a naturally occurring CRISPR-Cas defense system in bacteria where it serves as a link for associating various crRNAs with the Cas protein. | tracrRNA | Zkratka pro „trans-aktivující CRISPR RNA“. Jedná se o krátkou molekulu RNA obsahující oblast specificky se vázající na Cas nukleázu a oblast komplementární ke crRNA. Je součástí přirozeně se vyskytujícího obranného systému CRISPR-Cas v bakteriích, kde slouží jako spojovací článek pro spojení různých crRNA s proteinem Cas. | Karvelis T, Gasiunas G, Miksys A, Barrangou R, Horvath P, Siksnys V. crRNA and tracrRNA guide Cas9-mediated DNA interference in Streptococcus thermophilus. RNA Biol. 2013;10(5):841-851. doi:10.4161/rna.24203 |
| Transient transformation/transfection | Transformation (of plant cells) or transfection (of animal cells) after which the introduced DNA segment is not integrated into the genome and this DNA is later lost. Genes present on the DNA can be transiently expressed. | Stabilní transformace/transfekce | Transformace (rostlinných buněk) či transfekce (živočišných buněk), při níž nedojde k začlenění vneseného úseku DNA do genomu a tato DNA se posléze ztrácí. Geny přítomné na této DNA mohou být dočasně exprimovány. | Komarova TV, Baschieri S, Donini M, Marusic C, Benvenuto E, Dorokhov YL. Transient expression systems for plant-derived biopharmaceuticals. Expert Rev Vaccines. 2010 Aug;9(8):859-76. doi: 10.1586/erv.10.85. |
| Transcriptional gene silencing (TGS) | Silencing of gene expression at the transcriptional level. It is usually associated with repressive chromatin marks introduced into the promoter region or by targeting transcriptional repressors to the promoter. Specific targeting is either controlled by small RNAs (RNA-directed DNA methylation / histone modification), or by DNA-binding domains, or by guide RNAs in the case of artificial fusions with transcriptional repressors or chromatin modifiers. | Transkripční umlčování genové exprese | Umlčení genové exprese na úrovni transkripce. Obvykle je spojeno s represními chromatinovými značkami zavedenými do oblasti promotoru nebo zacílením transkripčních represorů do promotoru. Specifické cílení je řízeno buďto malými RNA (methylace DNA/histonová modifikace řízená RNA), nebo DNA-vazebnými doménami či molekulami guide RNA v případě umělých fúzí s transkripčními represory nebo modifikátory chromatinu. | Frizzi A, Huang S. Tapping RNA silencing pathways for plant biotechnology. Plant Biotechnol J. 2010 Aug;8(6):655-77. doi: 10.1111/j.1467-7652.2010.00505.x |
| Translocation breeding | Transfer of chromosomal part from one species to another, generally aplicable among closely related plant species. | Translokační šlechtění | Přenos chromozomální části z jednoho druhu na druhý, obecně použitelný mezi blízce příbuznými rostlinnými druhy. | https://agritech.tnau.ac.in/crop_improvement/Glossary.pdf |
| Transposon, transposable element | A section of DNA in the genome that is capable of being transferred (a process called transposition) or copied to another location in the genome. Eukaryotic transposons are divided into two main classes, DNA transposons, some of which just transpose while others are copied via DNA intermediate, and Retrotransposons, which are copied through RNA intermediate. | Transpozón | Úsek DNA v genomu, který je schopen přeskoku (tzv. transpozice) či zkopírování na jiné místo genomu. Eukaryotické transpozóny se dělí na dvě hlavní třídy, DNA transpozóny, z nichž některé jen přeskakují zatímco jiné se kopírují přes DNA intermediát, a Retrotranspozóny, které se kopírují přes RNA intermediát. | Wicker, T., Sabot, F., Hua-Van, A. et al. A unified classification system for eukaryotic transposable elements. Nat Rev Genet 8, 973–982 (2007). https://doi.org/10.1038/nrg2165 |
| Viral vector | An engineered virus that allows the insertion of foreign genes into its genome. Viral vectors are used mainly for the targeted transfer of genes into cells, often in the context of gene therapy (in animals), or for systemic infection of the plant and production of medicinally interesting proteins (eg antibodies). | Virový vektor | Uměle upravený virus, který umožňuje vkládání cizorodých genů do svého genomu. Virové vektory slouží především k cílenému doručení genů do buněk (zejména u živočichů), popř. k systémové infekci rostliny a produkci medicínsky zajímavých proteinů (např. protilátek). | Bulcha, J.T., Wang, Y., Ma, H. et al. Viral vector platforms within the gene therapy landscape. Sig Transduct Target Ther 6, 53 (2021). https://doi.org/10.1038/s41392-021-00487-6 Lico C, Chen Q, Santi L. Viral vectors for production of recombinant proteins in plants. J Cell Physiol. 2008;216(2):366-377. doi:10.1002/jcp.21423 |
| Distant (wide) hybridisation | Distant hybridization refers to crosses between two different species, genera, or higher taxa. It is a way to increase genetic variation and combine the biological characteristics of existing species. | Vzdálená hybridizace | Vzdálenou hybridizací se nazývá křížení dvou různých druhů, rodů nebo vyšších taxonů. Je to způsob, jak zvýšit genetickou variabilitu a kombinovat biologické vlastnosti stávajících druhů. | Chen J, Luo M, Li S, Tao M, Ye X, Duan W, Zhang C, Qin Q, Xiao J, Liu S. A comparative study of distant hybridization in plants and animals. Sci China Life Sci. 2018 Mar;61(3):285-309. doi: 10.1007/s11427-017-9094-2 |
| Zinc finger nucleases (ZFN) | A synthetic tool for genome editing based on a fusion protein consisting of FokI nuclease and DNA-binding domain usually composed from three programmable Zink-finger motives. To induce double strand break, two ZFNs must act each at one DNA strand in the same genome site. | Zinc-finger nukleázy (ZFN) | Syntetický nástroj pro úpravu genomu založený na fúzním proteinu sestávajícím z FokI nukleázy a domény vázající DNA, obvykle složené ze tří programovatelných motivů zinkových prstů. K vytvoření dvouvláknového zlomu musí zároveň působit dvě ZFN, každá na jednom vlákně DNA, ve stejném místě genomu. | Li, H., Yang, Y., Hong, W. et al. Applications of genome editing technology in the targeted therapy of human diseases: mechanisms, advances and prospects. Sig Transduct Target Ther 5, 1 (2020). https://doi.org/10.1038/s41392-019-0089-y |